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salji
Nuovo Arrivato



35 Messaggi

Inserito il - 11 giugno 2005 : 12:17:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di salji Invia a salji un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Chiedo aiuto...... sul materiale a mia disposizione nn si capisce molto di matrici pam e blosum.. non capisco cosa siano tutti quei valori all'interno della matrice... aiutatemi!!!

anke i grandi sono stati dei bambini ma nn se lo ricordano

sruilk
Nuovo Arrivato


Città: Ferrara


14 Messaggi

Inserito il - 14 giugno 2005 : 11:27:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sruilk Invia a sruilk un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non ricordo esattamente come sia il funzionamento, ma i numeri all'interno della matrice dovrebbero essere legati alla probabilità di sostituzione aminoacidica (mi sembra che più il numero è elevato, più sia favorita la sostituzione). Non so dirti altro.
Forse potrebbe aiutarti questo link:
http://schubert.bio.uniroma1.it/corsiol/masterbf/lezioni/Bioinfo-allineamento2seq.ppt
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Fil23
Utente Junior

gatto

Prov.: estero
Città: London


238 Messaggi

Inserito il - 15 giugno 2005 : 10:52:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Fil23  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Fil23 Invia a Fil23 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!
io ho delle diapositive di 1 lezione che ho seguito.....però nn so come mandartele....
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2005 : 19:31:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
(Ufffffffff........)
Hai capito la differenza tra similitudine e identità? Nel primo caso, si attribuisce un punteggio anche quando i due aminoacidi sono diversi.
Il problema all'inizio era decidere come attribuire questi punteggi. Ad esempio, si era pensat di dividere gli aa in gruppi in base alle loro cratteristiche fisico-chimiche (es. tutti gli aminoacidi idrofoici) in modo da poter dire che una mutaz. tra 2 aa dello stesso gruppo è meno pesante rispetto ad una fra gruppi diversi.

Un approccio migliore però è quello di imparare dalle proteine stesse: ad esempio nelle matrici di Blosum, gli autori hanno preso un certo numero di sequenze con una certa percentuale di identità (ad es., 80) e hanno visto in ognuno d questi gruppi quale è la freq. di sost. per ogni aminoacido.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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