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Bian Que
Nuovo Arrivato
99 Messaggi |
 Inserito il - 16 settembre 2012 : 16:52:53
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Salve a tutti..
Ho un dubbio riguardo il significato del fold change...
da quello che so io è log2 del rapporto tra le medie di due condizioni sperimentali. è corretto ? Qual' è il minimo valore che puo' assumere il fold change ? e cosa succede quando faccio il filtraggio(nel caso specifico in R), quando abbasso il fold change ?
Altro dubbio non inerente al fold change..cosa si intende per pooling quando si parla di microarray ?
grazie mille ..spero qualcuno puo togliermi questi dubbi
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roberta.s
Utente Junior
Città: Parigi
564 Messaggi |
Inserito il - 17 settembre 2012 : 10:13:14
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il fold change indica di quante volte un valore è maggiore di un altro. viene indicato da un rapporto, per cui, facendo l'esempio di un microarray per lo studio di gene expression, se il valore che indica l'espressione del gene X é 2 e quello del controllo é 1, il rapporto tra i due é pari a 2. Si dice dunque che il fold increase relativo all'espressione del gene X é 2, ovvero che il gene X ha un'espressione due volte più grande rispetto ad un controllo. esempio classico: uso dei microarray per valutare l'espressione di alcuni geni in un campione prelevato da cellule di carcinoma bla bla bla rispetto al controllo, che sarà costituito da cellule sane.
Poi, se vuoi esprimere tale rapporto come log2, allora farai log2(2)=1. Per un microarray, solitamente cio' che si rapporta é il valore mediano dell'intensità di fluorescenza, visto che puoi marcare il campione con una molecola fluorescente (es. cianina 3) e il controllo con un'altra (es. cianina 5).
Riguardo al minimo valore che puo' assumere il fold change (per inciso, qual é, non qual'è), suppongo tu ti riferisca alla soglia che devi scegliere per considerare un aumento significativo. Beh, questo dipende da molti fattori: il tipo di esperimento, il background, ecc ecc. In linea generale, la soglia puoi fissarla ad un valore di log2 (ratio campione/controllo)=2, ma, ti ripeto, si tratta di una scelta piuttosto arbitraria.
Non capisco le altre domande. Cosa intendi quando dici che abbassi il fold change? Parli di abbassare la soglia durante il trattamento dei dati? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 17 settembre 2012 : 10:18:00
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| Da quello che so io il termine fold change non ha un significato così specifico, quando non è spiegato dovrebbe riferirsi al generico ordine di grandezza ovvero, tra due valori dovrebbe essere un rapporto 1:10. Poi quale sia il valore minimo di fold change non credo che esista un numero preciso, ci sono regole varie empiriche che ogni autore adotta come meglio gli aggrada. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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