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Autore Discussione  

ventu
Nuovo Arrivato

L
Prov.: PD


30 Messaggi
Inserito il - 28 gennaio 2013 : 11:11:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ventu Invia a ventu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buondì, vorrei una vostra opinione su un dubbio che mi è sorto facendo homology modelling.
Devo produrre la struttura 3D di una proteina mutante partendo da una struttura nota presente nel PDB.
Ho quindi effettuato i seguenti step:
1.La sequenza da modellizzare viene caricata come row sequence sul programma swiss viewer nel quale è anche caricata la struttura ottenuta dal PDB
2.Effettuo il fit della sequenza sulla struttura e salvo il progetto
3. Carico il progetto sul server swiss model che provvede al model assessment e mi restituisce la struttura minimizzata.
4. infine per ottenere la superficie elettrostatica utilizzo APBS

Le mie domande sono 2:
1. Durante questa procedura gli H sono stati aggiunti, cioè, vengono aggiunti in automatico da Swiss Model.
2. APBS valuta o meno gli idrogeni? Lo chiedo perchè ho notato che tra le opzioni c'è la possibilità di attivare PROPKA per assegnare uno stato di protonazione a pH differenti.

Grazie mille per qualsiasi vostra opinione

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 28 gennaio 2013 : 12:03:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Questa è una bella domanda che mi fa venire un dubbio atroce.

Nel tuo caso credo proprio che vengano considerati gli idrogeni dal momento che la struttura generata con Swiss Model li esplicita.

Il dubbio atroce mi viene invece quando si calcola un profilo di SASA da una simulazione. Mettiamo che ho fatto una MD in GROMACS usando un forcefield united atom. Il comando g_sas è sufficientemente "sveglio" da tener conto di TUTTI gli idrogeni? Qualcuno lo sa?
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 28 gennaio 2013 : 12:12:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
tento di rispondermi: probabilmente, nel caso dello united atom, la superficie verrà calcolata sulla palloza gigante, ad es., del metile. Sarebbe un po' improbabile che venga esportato da una MD uno snapshot per volta, ci vengano appiccicati gli H e poi viene calcolata la SASA. Voi cosa dite? E' corretto il mio ragionamento?
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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ventu
Nuovo Arrivato

L

Prov.: PD


30 Messaggi
Inserito il - 28 gennaio 2013 : 12:30:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ventu Invia a ventu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quindi mi assicuri che la struttura generata da Swiss Model esplicità gli idrogeni? Se è così non dovrebbero esserci problemi. Mi spiego, io ho utilizzato un Forcefield PARSE ed inoltre di default APBS ottimizza il network dei legami idrogeno quindi se Swiss Model costruisce il modello aggiungendoci gli H questi dovrebbero essere letti anche da APBS senza problemi.
Resta il dubbio su come la SASA venga calcolata su questi idrogeni e come vari al variare del pH ma li dipende giustamente da come hai precisato se la valutazione viene effettuata sul gruppo nel complesso o sui singoli atomi.. ho cercato anche un pò in giro ma niente..

Io poi per la visualizzazione utilizzo UCSF Chimera. Lo conosci? lo reputi un buon software?
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 28 gennaio 2013 : 13:46:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se SwissModel aggiunge gli idrogeni dev'essere proprio così. La questione del pH ovviamente fa variare il numero e la posizione degli idrogeni per quei residui che presentano catene laterali che sono in forma dissociata/indissociata.

UCSF chimera lo usato una volta di sfuggita. Sicuramente su Linux è molto performante in termini di consumo di risorse.
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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ventu
Nuovo Arrivato

L

Prov.: PD


30 Messaggi
Inserito il - 28 gennaio 2013 : 19:11:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ventu Invia a ventu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Eh il punto è che non ho trovato specificato sui protocolli come si comporta Swiss Model relativamente agli idrogeni. Non so quindi se li aggiunge oppure se lavora senza (anche se mi sembra strano )..
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