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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
 Inserito il - 31 gennaio 2008 : 21:27:25
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chi mi spiega la differenza tra allineamento locale e globale?
per esempio, clustalw fa un allineamento globale, vero?
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Talia
Nuovo Arrivato
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Prov.: Napoli
Città: Napoli
35 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2008 : 11:58:56
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Salve,anch'io vorrei una delucidazione in merito alle differenze tra allineamenti globali e locali.Ho capito che needleman e wunsch introdussero l'algoritmo per l'allineamento globale tra due sequenze e che questo permetteva di confrontare due sequenze nella loro totale lunghezza e che smith e waterman introdussero nel '80 circa l'algoritmo di allineamento locale che permetteva di confrontare solo specifiche regioni tra due sequenze,ma non mi è chiaro praticamente,a livello di matrice,cosa avviene.
Ho capito che con needleman e wunsch non si possono attribuire valori negativi a match,mismatch e gap,ma ho un po' di confusione sull'aspetto matriciale.Se poteste aiutarmi ve ne sarei grata! |
Talietta |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2008 : 16:05:14
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Citazione:
chi mi spiega la differenza tra allineamento locale e globale?
per esempio, clustalw fa un allineamento globale, vero?
L'allineamento globale allinea le due sequenze nella sua interezza; quello locale, cerca 'la più lunga sottosequenza comune' fra le due.
Per esempio, se hai due proteine che hanno sequenze diverse ma un dominio proteico in comune, devi usare l'allineamento locale; un dominio proteico é un esempio di 'lunga sottosequenza comune'.
In questo forum ultimamente ci sono molte domane su clustalw... significa che nelle università insegnano quello.
Ma si tratta di un programma vecchio, scritto almeno 30 anni fa, che fa delle semplificazioni nella fase di pre-allineamento che possono portare a falsi positivi/negativi anche grossi.
Ci sono programmi x l'allineamento multiplo, che anch'essi fanno delle semplificazioni, ma che sono più accurati di clustalw.
Citazione:
Ho capito che con needleman e wunsch non si possono attribuire valori negativi a match,mismatch e gap,ma ho un po' di confusione sull'aspetto matriciale.Se poteste aiutarmi ve ne sarei grata!
Non é che non puoi attribuire valori negativi a match e mismatch etc..: é che non puoi avere valori negativi nella matrice. Se ti disegni la matrice lo capisci subito.
X T C A A A C
C 0 1 0 0 0 1
A 0 0 2 1 1 0
A 0 0 1 3 2 1
A 0 0 1 2 4 2
G 0 0 0 0 1 2 (p.s.: é lo Smith & Waterman, cmq) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Talia
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Napoli
35 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2008 : 23:34:02
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Grazie mille per la risposta!
Mi sa che comunque non ho capito a pieno la compilazione della matrice...fin quando si tratta di matrici di identità o di punti è tutto ok,ma quando si tratta di applicare i due algoritmi suddetti non capisco come viene riempita ogni casella con il punteggio...o meglio,l'ho capito,ma solo seguendo un determinato path...poi non mi spiego la presenza di altri numeri! |
Talietta |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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Talia
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Napoli
35 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2008 : 09:09:33
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Grazie mille,ma quindi quei valori negativi o positivi che siano posso determinarli anch'io?Ho letto che nelle caselle delle matrici PAM non si riporta la probabilità,ma il log del rapporto tra frequenza osservata ed attesa.Il log serve per non avere numeri molto piccoli!
Scusate le tante domande,ma questa materia mi confonde e vorrei capirci di più |
Talietta |
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