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 Allineamento primers con sequenza
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guipap
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2 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2015 : 18:39:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di guipap Invia a guipap un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve,

Avrei un piccolo probblema con una mio progetto in lab. Devo allineare diversi primers su di una sequenza di DNA. il problema č che non tutti i Primers sono completamente complementari ma alcuni lo sono solo in parte. Infine dovrei costruire una mappa con tutti i primers e la posizione FOR or REV che si trovano sulla sequenza.
C'č un programmino di bioinformatica per fare questo lavoro?

Grazie mille!!!

domi84
Moderatore

Smile3D

Cittā: Glasgow


1710 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2015 : 19:09:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Primer blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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guipap
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2015 : 19:14:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di guipap Invia a guipap un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ma mi da anche la mappa completa? Posso testare 30 primers in un volta sola?

Mi servirebbe qualcosa come questo qui http://www.bioinformatics.org/sms2/primer_map.html ma che mi dia anche i primers che hanno mismatch e che si sovrappongono solo in parte
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