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Browsers Genomici:
EnsEMBL, Genome Browser

Durante l´esecitazione verranno utilizzati i browser genomici Ensembl (www.ensembl.org) e Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) e verranno esplorate alcune delle loro funzionalitá: In particolare verranno analizzati i seguenti temi:

- Ricerca di geni mediante parole chiave o mediante similaritá di sequenza.

  • Selezionare l'organismo di interesse
  • Per cercare con il nome del gene, inserire nel campo opportuno


  • Per cercare secondo similarità, cliccare su Blast, e inserire la sequenza in possesso (prova a farlo con la proteina trovata prima)
  • Per sequenze particolarmente corte (20 -30 nucleotidi), SSAHA permette di avere un algoritmo di ricerca migliore, ottimizzato.

- Estrazione della sequenza di geni omologhi

  • Una volta entrati nella pagina del gene di interesse (COX4-1), tra le diverse informazioni, c'è anche "Homology Matches" in cui si trovano gli omologhi al gene.

- Estrazione di informazioni collegate al gene di interesse: (trascritti alternativi, proteina codificata, famiglie proteiche)

  • Questo può essere fatto facilmente dalla scheda per ogni gene, o direttamente dal Browser:
    Scegliete di vedere nella "Genomic Location" , dalla quale potrete vedere una serie di informazioni in tre livelli: Overview, Dectail View e Base View. In particolare, nella Dectail View, si hanno le magiori informazioni riguardo al gene e a quello che sta attorno. Cliccando sulla barra gialla, è possibile accedere alle innumerevoli opzioni: visualizzare le feature di interesse, indicare a quale banca fare riferimento (o uploadare i propri dati), esportare la regione visualizzata in diversi formati, passare ad altri GenomeBrowser, e indicare la dimensione della finestra.

- Estrazione di sequenze genomiche corrispondenti alla regione a monte del gene di interesse (promotore)

  • Nella Genomic Location, provate a muovervi lungo la sequenza, usando le opzioni di Zoom, o per spostarsi di 1-2Mb, o digitare manualmente le coordinate.
  • Osservate i geni presenti, vicino a COX4 ... passando il mouse su i diversi geni, è indicato nome e opzioni di visualizazione relativa al gene su cui si è.

ESECIZI PROPOSTI:

  • Su quale cromosoma si trovano i geni per le diverse subunitá del complesso citocromo ossidasi umano?
  • Quale é l´AC RefSeq o EMBL per le sequenze tracritte (mRNA) di tali subunitá?
  • Fai la stessa ricerca nel topo.
  • Quali domini sono presenti nella proteina codificata da questo trascritto?
  • Esistono delle forme di splicing alternative?
  • Cerca dei membri della stessa famiglia proteica in altri vertebrati e crea un multiallineamento.


 
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