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Giuliano652
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6839 Messaggi

Inserito il - 19 luglio 2012 : 22:28:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
C'è un modo semplice o medio-semplice che io possa usare per sapere se, ad esempio, la concentrazione di metionine e cisteine nella caseina è maggiore che nelle proteine del glutine?

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 07:34:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cercare la sequenza delle proteine su NCBI?

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Giuliano652
Moderatore

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6839 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 08:30:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
devo imparare. Mi informo.

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 08:41:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ah OK, pensavo ci fosse il trabocchetto ;)

E' facile! Vai qui:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein

Cerchi, ad es., "casein AND "Homo sapiens"

Clicchi su quella che ti interessa (es. su quella con ID AAY68392.1)
Nella barra a destra hai: "Find in this sequence"

Scrivi "C" oppure "M" (o l'aa/sequenza di aa che vuoi, in one letter code).

La caseina ha 7 metionine e 3 cisteine!

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Giuliano652
Moderatore

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Prov.: Brescia


6839 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 08:51:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
da autodidatta improvvisato ero giunto fino a trovare la sequenza, ma il click a destra su "find in this sequence" mi era sfuggito, ed è quello che cerco. Grazie :-)

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 09:03:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Giuliano652

C'è un modo semplice o medio-semplice che io possa usare per sapere se, ad esempio, la concentrazione di metionine e cisteine nella caseina è maggiore che nelle proteine del glutine?


Non ti offendere è una mia curiosità, perchè è importante saperlo?

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Giuliano652
Moderatore

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Prov.: Brescia


6839 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 09:15:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Perché sento in millemila posti diversi che
1) le proteine del latte sono più acidificanti di quelle della soia per il contenuto di met e cys
2) le proteine della carne sono più acidificanti di quelle vegetali per il contenuto di met e cys

Fermo restando che devo anche verificare se la quantità di met e cys influenza in qualche modo il pH urinario (che è l'unico che varia, quello del sangue è tenuto costante dai vari tamponi, ovviamente) e fermo restando che ho qualche dubbio sul fatto che l'acidificazione porti a disturbi di vario genere (si passa dalla stanchezza al cancro, a dar retta alle voci), parto dall'analisi delle sequenze. Ad esempio potrei controllare la quantità di met e cys nell'actina bovina e confrontarla con una proteina abbondante nel cavolfiore, cominciando a farmi una piccola statistica.

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 09:39:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusate ma, visto che non credo che la gente in genere (a parte i neonati) beva latte umano, magari farei una ricerca per "casein AND bos taurus", poi non è detto che il numero di M e C sia diverso, ma mi sembrerebbe più corretto.
Secondo, cerca sempre le "RefSeq" (trovi il filtro alla tua sinistra) perchè sono più affidabili, sono le sequenze di riferimento. (ad es. per quella indicata da chick AAY68392.1, la refseq è NP_001020275, così vedi anche a quale forma di caseina si riferisce)
Poi devi considerare che ci sono diverse forme di caseina, e quindi dovresti vedere qual è quella predominante nel latte.
Terzo ma non ultimo, attenzione le sequenze sono dei "precursori", sono proteine secrete e hanno un peptide segnale che poi viene tagliato, viene da sè che la prima metionina non ci sarà più quindi devi toglerla dal conto.
Se vuoi un batabase che ti dà maggiori info sulle proteine usa UniProt (http://www.uniprot.org/uniprot/), lì ad es. vedi bene qual è il peptide segnale e quale la proteina matura.
Se poi da li vuoi tornare su NCBI, in fondo alla pagina trovi le "cross-reference" tra cui il link alla RefSeq.
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Giuliano652
Moderatore

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Prov.: Brescia


6839 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 09:47:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

Scusate ma, visto che non credo che la gente in genere (a parte i neonati) beva latte umano, magari farei una ricerca per "casein AND bos taurus", poi non è detto che il numero di M e C sia diverso, ma mi sembrerebbe più corretto.

Sì, ovvio, a me interessava soprattutto sapere come fare, l'ho preso come esempio
Citazione:

Secondo, cerca sempre le "RefSeq" (trovi il filtro alla tua sinistra) perchè sono più affidabili, sono le sequenze di riferimento. (ad es. per quella indicata da chick AAY68392.1, la refseq è NP_001020275, così vedi anche a quale forma di caseina si riferisce)

D'accordo grazie
Citazione:

Poi devi considerare che ci sono diverse forme di caseina, e quindi dovresti vedere qual è quella predominante nel latte.

ovviamente, anche qui per me l'importante era capire come funzionava la ricerca
Citazione:

Terzo ma non ultimo, attenzione le sequenze sono dei "precursori", sono proteine secrete e hanno un peptide segnale che poi viene tagliato, viene da sè che la prima metionina non ci sarà più quindi devi toglerla dal conto.

Grazie anche qui
Citazione:

Se vuoi un batabase

bata bata, ne ho abbattanta
Citazione:
che ti dà maggiori info sulle proteine usa UniProt (http://www.uniprot.org/uniprot/), lì ad es. vedi bene qual è il peptide segnale e quale la proteina matura.
Se poi da li vuoi tornare su NCBI, in fondo alla pagina trovi le "cross-reference" tra cui il link alla RefSeq.


E grazie anche qui :-)

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GFPina
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GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2012 : 16:21:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Giuliano652

Citazione:

Se vuoi un batabase

bata bata, ne ho abbattanta

ahahah

Per il resto beh, era solo per aggiungere un po' di info in più, magari prima o poi ti saranno utili!
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