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Giuliano652
Moderatore
Prov.: Brescia
6940 Messaggi |
 Inserito il - 02 dicembre 2012 : 18:19:06
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Ok, questa domanda vince il premio come domanda più idiota del mondo, me ne rendo conto, ma devo togliermi questo dubbio.
All'uni ho studiato che le proteine sono formate da 20 aa, però è qualche tempo che sento sempre più spesso che esistono 21 aa. Così ho fatto un giro su wikipedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Amino_acid
che effettivamente c'è una tabella con 21 aa, in cui è compresa la selenocisteina, derivata da una modificazione post-trascrizionale (si parla di "traslational reconding", meccanismo che mi sono appena andato a vedere perché non conoscevo) e corrispondente al codone UGA (che è di stop), poi però vado a leggere il testo e scopro che dovrebbero essere 22, compresa la pirrolisina, che però pare sia presente solo in alcuni archea. Sulla stessa pagina gli aa sono trattati come "20 + 2".
Insomma, se io prendo una banalissima SOD bovina, o una albumina, quanti aa ci trovo? E più in generale, è corretto dire che "le proteine sono generalmente costituite da 20 aa"?
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 02 dicembre 2012 : 20:00:34
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Gran bella domanda! 
Presumo che consultare un database ufficiale delle Selenoproteine sia la mossa più furba. Per adesso potresti accontentarti di questo:
http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Selenoproteins
Inoltre, qui è presente una tabella che illustra la composizione amminoacidica della BSA. Peccato che, stando a Wikipedia, la selenocisteina sia stata osservata nel 1986. Dovrebbero essercene sicuramente altre in giro.
http://www.friedli.com/research/PhD/chapter5a.html
Mi aspetto, comunque, che la Selenocisteina si trovi nelle selenoproteine!
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Son la persona meno adatta a fornire un parere su argomenti così delicati, ma io credo che qui si tratti più che altro di un problema di "classificazione".
In fondo, si sono "esclusi" anche altri amminoacidi proteici non convenzionali (ex. 4-idrossiprolina) semplicemente per il fatto che essi siano ottenuti a seguito di modificazioni post-sintetiche (ossia, DOPO il loro inserimento nel polipeptide). E quindi, per una loro natura "derivata" da altri aa.
Secondo me, volendo essere categorici, è quindi preferibile parlare di 20+2 amminoacidi disponibili alla sintesi proteica.
In fondo, su internet dice che la selenocisteina segue un meccanismo molto sui generis (assieme alla pirrolisina): partono da un aa convenzionale (serina, nel caso della selenocisteina) e solo in presenza di un particolare tratto di RNA, la serina viene modificata - e sfrutta il codone di stop come codone di senso.
Sempre volendo restare "schiavi" della classificazione, mi sembra un meccanismo molto particolare che merita una descrizione a parte.
Credo che la differenza la faccia la parola "standard": è quella che, pur comunque suonando vaga, ti salva da ogni ambiguità. Lo "standard" si riferisce ad una codifica standard appunto - e la codifica standard è propria dei 20 amminoacidi canonici.
Se stai scrivendo un articolo, forse conviene intendere la selenocisteina e la pirrolisina come casi marginali, magari inserendo una piccola nota.
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Non ti ho detto nulla di diverso da ciò che già sapessi tu  ma seguirò volentieri questa discussione. Son curioso di leggere altri pareri! |
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Giuliano652
Moderatore
Prov.: Brescia
6940 Messaggi |
Inserito il - 02 dicembre 2012 : 20:06:16
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Citazione:
Messaggio inserito da Grön
Se stai scrivendo un articolo, forse conviene intendere la selenocisteina e la pirrolisina come casi marginali, magari inserendo una piccola nota.
Grazie per la risposta, argomento interessante quello che hai tirato fuori, riguardo alla classificazione delle proteine. Però in effetti il mio dilemma viene dal fatto che sto scrivendo un articolo, relativamente dettagliato, ma divulgativo, il più divulgativo possibile, e stavo appunto pensando a quale sia la frase più vera: le proteine sono fatte da 20, 21 o 22 aa? Sono fatte generalmente da 20 aa? A giudicare dal numero di selenoproteine direi 20, o almeno "generalmente 20", ma se avessi una risposta certa starei più tranquillo :-) |
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