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Crick82
Utente Junior



139 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2007 : 23:16:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Crick82 Invia a Crick82 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho un piccolo dubbio su come si possa definire esattamente un esone.

(1)Un esone è una regione di DNA che viene trascritta nel pre-mRNA, è presente nell'mRNA maturo a seguito dell'eventuale splicing. Inoltre un esone non sempre viene codificato in proteine, (Ad esempio, quando sono alle estremità gli esoni possono anche venir trascritti nella 5'UTR e nella 3'UTR).

(2)Oppure un esone è una regione sempre codificante?

Per quel che so di bioinformatica, un esone è presente nell'mRNA maturo, ma non sempre è codificante (esempio degli esoni che vengono trascritti nella 5'UTR e nella 3'UTR).
Vorrei una vostra conferma.

Crick82
Utente Junior



139 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 00:32:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Crick82 Invia a Crick82 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Inoltre, una sequenza codificante è una regione del DNA che viene trascritta ma non per forza tradotta oppure per sequenza codificante s'intende una regione del DNA che viene tradotta in proteina?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 01:21:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bella domanda!
Per sequenza codificante io intenderei la sequenza che codifica per una certa proteina.
C'è però da considerare il fatto che in situazioni come lo splicing alternativo non tutti gli esoni sono sempre codificanti.... hmmm ci devo pensare!

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Giuliano652
Moderatore

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Prov.: Brescia


6911 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 01:49:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per quanto ne so io un esone è una sequenza che è presente nell'mRNA maturo, quindi per me la definizione (anche se maccheronica) potrebbe essere: l'esone è quello che non viene eliminato dallo splicing (che quindi può subire editing, in ogni caso)

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 07:37:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Credo che lo si debba definire in riferimento alla proteina codificata: quello che può essere un esone per una proteina potrebbe non esserlo per un'altra. Mi riferisco a situazioni come splicing alternativo, multipli frame di lettura della stessa sequenza, sequenze codificanti sia in senso che in antisenso o esoni di proteine all'interno di introni di altre proteine.

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Giuliano652
Moderatore

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Prov.: Brescia


6911 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 08:14:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non sono d'accordissimo, sai? Insomma, io mi baso ad esempio sulle figure del gene VI, e nello splicing alternativo vengono eliminati anche porzioni chiamate "esoni", cioè porzioni che per altri tipi di s. alternativo sono presenti nell'mRNA. Insomma, sono sempre esoni anche se vengono eliminati. La cosa è questa: se è possibile che quella parte sia compresa nel messaggero è un esone, indipendentemente dal fatto che in quel preciso momento sia trascritta o meno

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 09:07:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per lo splicing alternativo il tuo ragionamento è corretto, ma non sarei del tutto sicuro per quanto riguarda i casi particolari che citavo sopra (multipli frames di lettura, o esoni all'interno di introni).

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Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 09:48:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
A lezione ho sentito dire quello che ha detto chick: un esone è definibile
come tale solo IN RIFERIMENTO al particolare trascritto maturo che ne risulterà.

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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Crick82
Utente Junior



139 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 11:11:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Crick82 Invia a Crick82 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Qualche giorno fa, ho letto un articolo in cui veniva detto che il primo esone di un gene codificava per la 5'UTR.

Leggendo questo ho pensato:
Un esone non è una regione codificante? Per codificante io intendevo che venisse tradotta in proteina.
Poi "girando" un po' in internet ho visto delle dispense di un corso di biologia molecolare in cui è mostrato chiaramente che l'esone presente al 5' di un gene quindi nel DNA, viene trascritto in pre-mRNA, è ancora presente nell'mRNA maturo, mentre invece non viene poi tradotto in proteina.
Chissà!!

Appena trovo la pubblicazione e la dispensa di biologia molecolare vi indico i link.
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Giuliano652
Moderatore

profilo

Prov.: Brescia


6911 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 14:18:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Per lo splicing alternativo il tuo ragionamento è corretto, ma non sarei del tutto sicuro per quanto riguarda i casi particolari che citavo sopra (multipli frames di lettura, o esoni all'interno di introni).



In effetti in questi casi la "mia definizione" è piuttosto povera... Però boh... filosoficamente parlando, e per capirci con i colleghi di lab, o con i compagni universitari, ho sempre pensato ad un esone come una sequenza che... non era un introne! Insomma, tutto quello che non veniva eliminato nella maturazione dell'RNA erano esoni.

PS un po' OT: gli esoni sono anche un gruppo di sei proteine presenti sul capside icosaedrico dei virus, insieme ai pentoni che invece sono formati da cinque proteine

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 19:49:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io concordo con la versione di Giuliano!!!

Comunque la prima defizione di esone è quella di Gilbert
Gilbert W.
Why genes in pieces?
Nature. 1978 Feb 9;271(5645):501.
(che ovviamente non è on line!!!)
Citazione:
The notion of the cistron..must be replaced by that of a transcription unit containing regions which will be lost from the mature messenger—which I suggest we call introns (for intragenic regions)—alternating with regions which will be expressed— exons.

– Walter Gilbert, Nature 9 Feb. 501/1

(l'ho presa da Wikipedia!!!)

Sucessivamante Zhang fa una classificazione degli esoni in 12 categorie... (tanto per semplificare le cose)
Citazione:
Exons are classified into the following 12 categories (Fig. 1), according mainly to what transcriptional or translational boundaries an exon contains [we shall refer to the poly(A) site as the end of the last exon]:
(1) a 5uexon is the 5’-terminal untranslated exon in a gene;
(2) a 3uexon is the 3’-terminal untranslated exon;
(3) a 5utexon is the 5’-terminal exon having a 5’-untranslated region (5’UTR) followed by a coding sequence (CDS);
(4) a 3tuexon is the 34-terminal exon having a 3’UTR following a CDS;
(5) an iutexon is an internal exon having a 34 portion of the 5’UTR followed by a CDS;
(6) an ituexon is an internal exon having a 54 portion of 34UTR following a CDS;
(7) an iuexon is an internal untranslated exon;
(8) an itexon is an internal translated exon.
An exon in categories 9 and 10 has to contain the complete CDS
(9) a 5utuexon does not contain the transcriptional end;
(10) a 3utuexon does not contain the transcriptional start;
(11) a 5-3utuexon contains both; and
(12) an iutuexon contains neither.

da:
Zhang MQ.
Statistical features of human exons and their flanking regions.
Hum Mol Genet. 1998 May;7(5):919-32.
http://hmg.oxfordjournals.org/cgi/content/full/7/5/919#hd1

La definizione generale di esone dovrebbe essere "tutto quello che viene trascritto" cioè "tutto quello che non è introne".
Secondo me un esone non smette di essere un esone perchè subisce spilicing alternativo!

Poi guardando in internet... ogniuno dice la sua... e credo che anche se chiedessimo a tutti i prof. di biologia molecolare delle nostre università non conconderebbero tra loro!

Per i frame di lettura multipli... non saprei!

e gli esoni all'interno di introni???
scusa Chick... non ho capito cosa intendi!

... scusa ho riletto adesso mi era sfuggito...
Citazione:
esoni di proteine all'interno di introni di altre proteine

beh anche se sono all'interno di introni di altre proteine... sempre esoni sono!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2007 : 22:35:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh, alla fine come in tutte queste cose è semplicemente un fatto di definizioni... concordo con GFPina quando dice che chiedendo a mille professori si otterrebbero mille versioni differenti!

Ad ogni modo credo sia molto affascinante il fatto che solo 30 anni fa la visione dell'introne era semplice e lineare e ora ci stiamo a fare tutte 'ste paranoie!!!
Mostra quanto veramente sia complessa la biologia molecolare!

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Luis 22
Utente

Baricalcio

Città: Bari


755 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2007 : 19:33:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Luis 22  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Luis 22  Invia a Luis 22 un messaggio Yahoo! Invia a Luis 22 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Da quel che so io, l'esone è riferibile al trascritto maturo, e come tale, comprende anche 5' e 3' UTR.



La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)&
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