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Ily
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Inserito il - 13 maggio 2007 : 10:14:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti , volevo sapere da voi che siete preparatissimi. che differenza c'è tra virus a DNA e RNA...non solo x il genoma ma x come interagiscono con la cell ospite e le cause che determinano!sicuramente x voi sarà una banalità ma vorrei chiarirmi le idee x il test di genetica! grazie

Ilenia

Giuliano652
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Prov.: Brescia


6812 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2007 : 10:57:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Le differenze non sono riguardo la gravità o meno della malattia (l'epatite B è data da un virus a DNA, ma anche qualche tipo di raffreddore, un adenovirus), quanto nel modo di replicarsi: il virus a DNA in genere è costretto ad entrare nel nucleo perché gli servono gli enzimi nucleari per fare l'RNA che codificherà per le sue proteine (mi pare il Poxvirus, quello del vaiolo, non va nel nucleo perché si porta gli enzimi dietro), i virus a RNA invece, in genere si replicano nel citoplasma, perché gli enzimi per la traduzione proteica sono lì (l'influenza è un eccezione, il motivo esatto non lo ricordo, comunque è a causa del fatto che deve subire un qualche processamento con gli enzimi nucleari). Ovviamente tra i virus a RNA ci sono anche i retrovirus, che trascrivono un doppio filamento di DNA dal loro RNA (citoplasma, ma ancora all'interno di strutture virali) e lo integrano nel DNA ospite (ovviamente nucleo). Stasera o domani sarò più preciso, sempre se qualcuno non specifica meglio di me prima!

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Ily
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Prov.: Napoli
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Inserito il - 13 maggio 2007 : 20:46:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
GRAZIE GIULIANO ...ALLORA ASPETTO TUE NOTIZIE ALLORA!!!GRAZIE ANCORA

Ilenia
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Ily
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
Città: Pompei


15 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2007 : 20:50:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
CARO GIULIANO...HO DATO UN'OKKIATINA AL TUO CURRICULUM....VEDO CHE SEI ESPERTO DI VIRUS HIV.....SPIEGAMI SPIEGAMI....

Ilenia
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Giuliano652
Moderatore

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Prov.: Brescia


6812 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2007 : 13:05:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ehm... che vuoi sapere? Ti dico solo che ho fatto la tesi su HIV, e ho scritto un centinaio di pagine su una minima parte di questo virus... Insomma ce ne sarebbe per scriverci un libro!

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Ily
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
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Inserito il - 14 maggio 2007 : 15:16:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
lo so, lo so carissimo Giuliano....io intendo x sommi capi..visto che a giorni farò il test di genetica..se esce una domanda sull'HIV saprò rispondere grazie al tuo aiuto...io intendo tipo come agisce, dove agisce, in che modo....Cmq ti ringrazio già in anticipo x la disponibilità!Grazie ancora!

Ilenia
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Ily
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
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15 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2007 : 15:41:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ad esempio , descrivere la struttura genica, le funzioni dei geni regolatori come TAT e REV ....

Ilenia
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Iside
Utente Attivo

Iside_paradise

Città: Napoli


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Inserito il - 14 maggio 2007 : 21:08:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Iside  Invia a Iside un messaggio Yahoo! Invia a Iside un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
tutte queste informazioni riguardo i geni del virus dell'HIV, che sono tutt'altro che generiche a mio avviso, le trovi dettagliatamente spiegate in un buon testo di virologia. In ogni caso, attendendo la competenza di Giuliano ( che nel settore ne saprà sicuramente di più), un virus dell'HIV presenta come genoma 2 molecole identiche di RNA, associate a proteine del nucleocapside, che a loro volta prendono contatto con le proteine che formano il capside.
nel bilayer fosfolipidico che circonda il virus c'è la proteina env (formata da 2 subunità, ma così è davvero troppo specifico). sappi però che questa proteina è fondamentale per permettere al virus di legare ed infettare le cellule CD4+, quindi linfociti in primis, ma anche macrofagi, cellule dendritiche follicolari dei linfonodi, celle dendritiche della mucosa e della microglia. Questo è possibile perchè tutte queste cellule esprimono il CD4, che è un recettore per chemochine.
per quanto invece riguarda il genoma dell'HIV, rispolvero i miei vecchi appunti di terapia genica: ssRNA di 9.5 Kb a polarità positiva. 3 geni importantissimi: gag, pol ed env. Gag codifica per proteine dell amatrice, del capside e del nucleocapside. Pol per una proteasi, una trascrittasi inversa e un'integrasi (naturalmente do per scontato che tu sappia perchè al virus occorrono proprio queste proteine). Env invece codifica per quella proteina di cui ti dicevo sopra.
poi c'è tutto un altro pannello di geni, anche loro importantissimi: tat (codifica per il transattivatore che lega le sequenze di riconoscimento TAR, che se non mi sbaglio sono sequenze che stabilizzano il messaggero, ma non ne sono sicurissima). rev (per regolare il trasporto degli mRNA virali dal nucleo al citosol, riconoscendo e legando le sequenze RRE). nef (degradazione del CD4). Vif (per la capacità infettante). Vpr (per l'arresto del ciclo cellulare dell'ospite). Vpu (sempre per la degradazione del CD4 e per facilitare il rilascio del virus).

...we're just two lost souls swimming in a fishbawl...year after year...
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Ily
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Inserito il - 14 maggio 2007 : 21:23:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mamma mia Iside ti ringrazio davvero tanto, leggendo le vostre spiegazioni le cose ora mi appaiono più chiare.... posso chiedere una cosa nello specifico che mi è poco chiara???'Il meccanismo d'azione del gene TAT e REV, proprio come agiscono, come vengono attivate..a che si legano..xchè le sbobinature del prof sono proprio poco chiare!!!!Scusa la mia ignoranza!

Ilenia
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Iside
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Iside_paradise

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Inserito il - 14 maggio 2007 : 21:45:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Iside  Invia a Iside un messaggio Yahoo! Invia a Iside un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
allora, innanzitutto, riguardando sempre i miei appunti, ho notato di aver scritto un'imprecisione riguardo tat. In pratica tat si lega ad una sequenza che si trova nella regione 5', nella LTR del genoma virale e permette da quì la trascrizione sequenza specifica.
Rev, invece riconosce la sequenza RRE sugli mRNA virali che sono andati incontro a splicing, alcuni per essere tradotti, altri invece per essere impacchettati con il genoma virale per la formazione dei virioni e li trasporta del nucleo al citoplasma, perchè la traduzione o l'impacchettamento dei nuovi virioni avviene proprio nel citosol.
purtroppo io più specifica di così non so essere, nel senso che le mie conoscenze ora terminano
spero che ti sia sufficiente o che qualcuno possa risponderti ancora più nel dettaglio

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Giuliano652
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Inserito il - 14 maggio 2007 : 22:13:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Iside: ti ringrazio per l'attestato di stima! Le tue risposte sono state molto buone, ci sono solo alcune cose da correggere (così rispondo anche a Ily).

La proteina Env è tagliata e, nell'envelope, forma due proteine: la gp120 e la gp41, rispettivamente importanti per il riconoscimento del recettore e del corecettore la prima, e per la fusione della membrana citoplasmatica con l'envelope virale, permettendo l'ingresso del virus, la seconda.

Poi sono quasi convinto al 100% che il CD4 sia solo sul linfocita Th, in ogni caso l'ingresso nei macrofagi è consentito dal corecettore: il CCR5 nei macrofagi e il CXCR4 nei linfociti, e sono loro che sono i recettori per le chemochine, il CD4 è importante, nel linfocita, per essere il corecettore dell'MHC, il cui recettore è il TCR.

Tat è, come dici tu, una proteina transattivante e agisce legando la sequenza TAR sull'RNA. Per quanto riguarda invece Rev, è sì importante per la fuoriuscita dei trascritti virali dal nucleo, ma questi trascritti sono di tre tipi: quelli che non subiscono splicing, quelli che ne subiscono solo uno e quelli che ne subiscono due (processo di splicing multiplo). Solo gli ultimi sono in grado di uscire dal nucleo con meccanismi cellulari, gli altri lo fanno tramite la proteina Rev, come hai descritto tu.

Infine una precisazione: un virus è un "coso" talmente piccolo che porta solo cose essenziali con se, non si può fare una classifica di "importanza dei geni". E' vero, spessissimo si sente dire che gag pol ed env sono in geni principali di HIV, ma questo "principali" è riferito alla grandezza. Sono anche un po' contro alla distinzione tra geni principali e accessori, perché quei geni non sono accessori proprio per niente, visto che una delezione di uno qualunque di quelli porta ad una cattiva replicazione del virus. Io parlerei solo di maggiori e minori, riferito alla grandezza dei trascritti.

Aggiungo infine, per amore di completezza, che il virus esce dalla cellula per budding (vescicole dalla membrana plasmatica).

Ily: ho trovato perché l'influenza va nel nucleo a replicare: per acquisire il cap al 5', indispensabile per la sua replicazione.

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Iside
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Iside_paradise

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Inserito il - 14 maggio 2007 : 22:34:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Iside  Invia a Iside un messaggio Yahoo! Invia a Iside un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao Giuliano, grazie per le precisazioni e figurati per l'attestato di stima! d'altro canto ognuno di noi è "specializzato" in un argomento particolare.
sulla proteina env, in realtà io non mi ero dilungata troppo perchè pensavo davvero che fosse una cosa molto molto specialistica, in ogni caso la tua precisazione è giustissima.

solo su una cosa non mi trovo, e naturalmente potrei sbagliarmi. in realtà da quel che sapevo gp41 è la subunità che interagisce con il CD4 e gp120, invece, con i corecettori CXCR4 e CCR5 (e questo ci consente di classificare i ceppi nelle due grandi categorie T ed M-tropi). I punti sono due: la prima interazione avviene per riconoscimento e specificità di legame tra gp41 e CD4, e, se è vero quello che tu scrivi, cioè che il CD4 è esclusivo delle T-cells, allora come avviene l'interazione tra macrofagi e virus? solo per legame di gp120 e CCR5? Pe questo, e anche per qualche vaga reminescenza, io dicevo che il virus è in grado di infettare tutte le cellule esprimenti CD4, tra cui macrofagi etc etc.
Mi sbaglio?


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Giuliano652
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Inserito il - 14 maggio 2007 : 22:57:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In realtà la gp120 interagisce sia con il CD4 sia con i corecettori: lega il CD4, ha un cambio conformazionale, lega corecettore, secondo cambio conformazionale, la gp41 viene scoperta e fonde le membrane. L'interazione con i macrofagi avviene solo con il CCR5. Per quanto riguarda i virus M-tropici e T-tropici, questo dipende da uno switch di affinità: nella prima parte dell'infezione il virus ha più affinità per il CCR5, quindi infetta i macrofagi, in un secondo tempo avviene una mutazione in una zona particolare della gp120 e questo causa l'abbassamento di affinità per il CCR5 e l'innalzamento invece per il CXCR4.

Aggiungo inoltre che alcuni studi hanno messo in evidenza come il corecettore sia spesso più importante del recettore per l'ingresso nella cellula, e esistono individui che non svilupperanno mai immunodeficenza pur essendo stati contagiati proprio perché mancanti di CXCR4

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Ily
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Inserito il - 15 maggio 2007 : 09:20:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cmq grazie a tutti e 2,xchè veramente grazie a voi le mie incertezze le ho chiarite. Adesso sò anche ke se mi trovo in difficoltà , ho voi che siete gentilissimi e questo meraviglioso sito che compre un'immensità di argomenti interessanti! Grazie ancora x l'aiuto e la disponibilità1

Ilenia
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Ily
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Inserito il - 15 maggio 2007 : 13:10:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusatemi ancora..posso chiedervi per quanto riguarda i virus a Dna l'ipotesi episomale e cromosomica di che si tratta?? come si integra al DNA cell ( a tandem, a random..)e come avviene invece nei virus a RNA???xckè non mi è chiaro.... se potete aiutarmi ..io aspetto una vostra risposta...

Ilenia
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Giuliano652
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Inserito il - 15 maggio 2007 : 16:06:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Questa è più roba da terapia genica che da virologia, quindi non vado sul sicuro come prima. Per sommi capi: il virus può formare plasmidi non integrati nel DNA (particella episomiale) oppure può integrarsi. Gli Adenovirus, ad esempio, non si integrano, ma rimangono sottoforma di plasmide, dando delle trasfezioni transienti.

Non so in terapia genica, ma in generale il virus dell'epatite B, ad esempio, si integra nel DNA.

Ovviamente l'integrazione può avvenire in siti specifici o casualmente, a seconda degli enzimi coinvolti: il DNA di HIV (dopo la retrotrascrizione) si integra abbastanza casualmente nel genoma, ad esempio

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Ily
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Inserito il - 15 maggio 2007 : 20:13:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ily Invia a Ily un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ok, ok.....grazie Giuliano!!!

Ilenia
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Giuliano652
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Inserito il - 16 maggio 2007 : 12:02:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
HO TOPPATO!

CD4 è espresso anche sui monociti/macrofagi! Ma il discorso degli individui resistenti non cambia, per fortuna.

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Dionysos
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Inserito il - 13 giugno 2007 : 17:04:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì CD4 è espresso anche sulla serie monocitarie, ma in misura decisamente minore rispetto ai TCD4+!

A proposito del processo di trascrizione del genoma di HIV
volevo approfittare ancora una volta del sapere di giuliano
per avere ben note un paio di cose (se non chiedo troppo ):

- Le sequenze responsive a Tat (sequenze TAR) cioè quelle a
cui Tat si lega FISICAMENTE, si trovano sul genoma oppure sul messaggero?
I miei appunti dicono sul genoma, ma voi dite che stanno sull'mRNA.

- Altra domanda identica, ma riguardante le sequenze responsive a Rev (RRE)

- Precisamente, che ruolo ha CRM-1 nello shuttling dei messaggeri fuori dal nucleo?

Thanx


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(F.W. Nietzsche)

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Giuliano652
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Inserito il - 13 giugno 2007 : 22:41:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ehm... dunque...
per quanto riguarda CRM-1 mi informo. Per le altre due domande intendi il DNA dopo la retrotrascrizione inteso come genoma? Perché il genoma del virus è composto da due molecole di ssRNA+, quindi identici in tutto e per tutto al messaggero...

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Dionysos
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Inserito il - 13 giugno 2007 : 23:15:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Per le altre due domande intendi il DNA dopo la retrotrascrizione inteso come genoma?

Esatto, genoma nucleare comprendente genoma virale integrato.
Scusami se non l'ho precisato: l'esame di virologia mi sta fondendo il cervello.

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Giuliano652
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Inserito il - 14 giugno 2007 : 00:15:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
allora, per quanto riguarda TAR e RRE dovrebbero essere sull'mRNA (quindi sul genoma virale, insomma, i due filamenti di ssRNA+). In particolare TAR dovrebbe essere nella regione R (nell'LTR, l'R di U3, R e U5), che è presente al 5' dell'RNA. Non so di preciso dove sia il RRE, invece.

CRM1 è l'esportina e fa esattamente questo: esporta dal nucleo. In particolare lega REV all'interno del nucleo (legata ai vari genomi senza splicing o con singolo splicing) e li trasporta fuori dal nucleo attraverso i pori nucleari.

DIMENTICAVO! Se devi fare l'esame di virologia abbi cura di non dire "genoma" per DNA, al massimo chiamalo provirus, che è il DNA integrato

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Dionysos
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Inserito il - 14 giugno 2007 : 11:20:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Se devi fare l'esame di virologia abbi cura di non dire "genoma" per DNA, al massimo chiamalo provirus, che è il DNA integrato

Hai perfettamente ragione.

Citazione:
sull'mRNA (quindi sul genoma virale, insomma, i due filamenti di ssRNA+)

Per non fare confusione, se ho capito bene nel nucleo - nel corso della trascrizione
dal provirus - le proteine Tat e Rev 'attendono' che le sequenze del messaggero a
cui sono responsive vengano trascritte: solo allora vi si legano (spero sia così).

Il mio dubbio sorgeva dal contenuto dei miei appunti, secondo i quali la prima funzione
(fra le tante) di Tat non è quella di legare l'mRNA, bensì quella di 'spazzare' il promotore
del provirus da alcuni elementi inibitori (che non sia la conformazione della cromatina?) e
quindi permettere la trascrizione. Tutt'ora questa cosa non mi è molto chiara.




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Giuliano652
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Inserito il - 14 giugno 2007 : 12:12:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Tat e Rev sono tra i trascritti primari, ovviamente, e sono tra i trascritti che subiscono splicing multiplo, in modo da poter uscire dal nucleo con meccanismi cellulari. Una volta nel citoplasma vengono tradotte le proteine che rientrano nel nucleo e si legano alle sequenze bersaglio.

Oltre al reclutamento delle varie proteine indispensabili per l'attivazione della polimerasi, Tat attiva anche proteine HATs (Histone acetiltransferases), che acetilando gli istoni modificano la struttura cromatinica: gli istoni in questione sono troppo vicini all'LTR, impedendo quindi la trascrizione, l'azione delle HATs quindi è fondamentale per la replicazione virale.

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