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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 06 marzo 2007 : 19:46:38
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ehi ciao a tutti del forum,
stavo pensando di mettere su un topic particolare nel quale inserire tutte le 'Domande Frequenti e Risposte (FAQs)' che vengono poste in questa sezione.
L'idea e' di creare qualcosa che possa fare da ponte tra i vari messaggi che cadono nel dimenticatoio del forum perche' troppo vecchi, le pagine del wiki che non sempre vengono utilizzate (e che non sono ancora complete), e tutti i contenuti importanti che si trovano su Internet e nel resto del sito.
In questo topic posto una bozza: se avete suggerimenti a correzioni da fare, le potete fare qui, e quando i contenuti saranno soddisfacenti creeremo una nuova discussione che verra' messa in evidenza.
Infine vi volevo avvisare che stavamo pensando di creare topic simili per tutte le sezioni del forum: per esempio, nella sez. di Microbiologia si potrebbero mettere i link ai database e ai server piu' importanti nel campo, o nella sez. delle Tecniche si potrebbero aggiungere collegamenti ai singoli Protocolli postati nel sito e agli altri siti che mettono a disposizione protocolli gratuitamente (es. protocols-online, openwetware, etc..).
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 06 marzo 2007 : 19:47:27
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FAQs sulla bioinformatica e l'uso del computer in biologia.
Indice:
1. Sezione 'Avvicinarsi alla Bioinformatica'
Chi é il bioinformatico? Che cosa studia? Quali sono le sue competenze?
- chiarimenti sulla figura del bioinformatico
- Quali sono le migliori risorse su Internet (blogs, wiki, siti) per entrare e rimanere aggiornati nel mondo della bioinformatica?
- libri:
-- Bioinformatics for dummies
-- libro bioinformatica
- Le migliori facolta' per la triennale?
- E per la specialistica?
2. Sezione 'Come trovare Informazioni?'
- Esistono motori di ricerca specializzati per risorse scientifiche? Per esempio, per trovare appunti, seminari, diapositive, schemi, illustrazioni?
- E per gli articoli scientifici? Esistono motori specializzati?
- Come scaricare il full-text di un articolo da pubmed?
- E qualcosa di meno tecnico? Dove posso trovare informazioni su una malattia, che non siano dirette a personale medico o specializzato?
- Ho appena iniziato a lavorare su un argomento e mi trovo di fronte a migliaia di articoli, che non ho voglia/tempo di leggere.
E se scrivessi un programma che legga gli articoli al posto mio e mi segnali solo le frasi piu' importanti? O magari che tolga le frasi di introduzione, che sono sempre le stesse? ;)
- E se non fidassi di questi strumenti automatici? Qual e' il modo migliore per farsi un'idea dello stato dell'arte di un particolare argomento (per esempio, come funziona lo splicing in un determinato organismo, quali sono le migliori pubblicazioni, etc..), senza conoscere niente a priori?
- Che strumenti posso utilizzare per gestire al meglio una collezione di articoli scientifici? E per condividerla con i miei colleghi di laboratorio?
3. Sezione 'Ricerca e Analisi di Sequenze Nucleotidiche'
- Quali sono le banche dati più importanti per la ricerca di sequenze nucleotidiche?
- Cos'è Genbank?
- In quali database é diviso GenBank?
- Il database di Genbank é aggiornato? Contiene tutte le sequenze conosciute e sequenziate? Anche quelle della Celera Genomics?
- Che significa annotare una sequenza?
- Cosa sono le EST? Perché le devo studiare? ;)
- Quali programmi posso usare per predirre la presenza di un gene in una seq. di DNA anonimo?
- Quali programmi posso usare per predirre la presenza di splicing/splicing alternativo in una seq. di DNA anonimo?
- Quali programmi posso usare per predirre la presenza di qualcos'altro in una seq. di DNA anonimo?
4. Sezione 'Ricerca e Analisi di Sequenze Proteiche'
- Quali sono le banche dati più importanti per le sequenze proteiche?
- Quali sono le differenze tra Uniprot e TrEBML?
- Ho la sequenza di un proteina e ne vorrei conoscere la struttura terziaria. Come posso conoscere/predirre la strutt. terziarie di una proteina partendo dalla sequenza?
5. Programmi Unix/Linux
- Quali sono le risorse più utili per avvicinarsi a Unix/Linux?
- Perché molti bioinformatici utilizzano la linea di comando in bioinformatica? Quali vantaggi può dare? Quali sono i comandi più utilizzati?
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6. Domande Generiche
- Come gestire un progetto di bioinformatica? Esistono degli standard come UML per gestire il lavoro ed i workflow?
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Nota: Potete modificare le risposte a queste domande (alcune le avevo messe su questo topic quando l'ho postato la prima volta, ora le ho spostate) nella pagina del wiki dedicata: http://www.molecularlab.it/wiki/wiki.asp?o=BioinformaticaFaqs
Attenzione che la formattazione del forum non é uguale a quella del wiki! ma questo si può aggiustare dopo!
Inoltre per favore fatemi sapere se aggiungete domande, che non me ne accorgo! ;) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 06 marzo 2007 : 20:16:43
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hola!
Bella domanda: se le FAQs rimangono sul forum (credo sarebbero piu' visibili), l'idea e' quella di lasciare un topic come questo in cui gli utenti possono inserire e proporre domande, e ai moderatori tocca il compito di copiarle e formattarle in un unico messaggio.
Altrimenti si potrebbe utilizzare una pagina del wiki per prepararle e postarle automaticamente (chiedendo ad Atreliu di realizzare la parte tecnica).
In ogni caso, si tratterebbe piu' di riorganizzare i contenuti che gia' ci sono sul forum (indicare i topic con le discussioni piu' interessanti, etc), che di scrivere cose nuove.
Che ne dici? |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 07 marzo 2007 : 01:58:41
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L'idea più pratica a mio parere è che ci sia un topic del forum modificabile solo dai moderatori.
Gli utenti possono scrivere via PM/email ai moderatori per proporre eventuali aggiunte. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2007 : 23:59:58
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hola! tranquillo!! ;)
al momento ci sono un po' di problemi tecnici con il wiki, e quindi risulta difficile postare collegamenti allo stesso.
Questa sera cerco di lavorarci un po', cmq ;)
edit: ho spostato tutte le risposte sul wiki (http://www.molecularlab.it/wiki/wiki.asp?o=BioinformaticaFaqs) e aggiunto un po' di domande. |
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dave00
Nuovo Arrivato
Città: Genova
19 Messaggi |
Inserito il - 26 aprile 2007 : 12:30:05
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Ciao a tutti!
Sono nuovo e volevo dirvi che l'idea delle faq mi piace molto!
Salutoni
-- dave |
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Pamela
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecce
Città: Parabita
22 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2007 : 18:09:33
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Ciao a tutti, mi sono appena iscritta,
tra un pò inizierò il corso di bioinformatica ( frequento il primo della laurea specialistica in biologia cellulare e molecolare), alla triennale abbiamo solo accennato alla bioinformatica qualcuno mi sa dire di che si tratta in specifico?
grazie! |
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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
 Inserito il - 28 aprile 2007 : 19:08:25
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Citazione:
Messaggio inserito da Pamela
Ciao a tutti, mi sono appena iscritta,
tra un pò inizierò il corso di bioinformatica ( frequento il primo della laurea specialistica in biologia cellulare e molecolare), alla triennale abbiamo solo accennato alla bioinformatica qualcuno mi sa dire di che si tratta in specifico?
grazie!
Una definizione di wikipedia per cominciare: http://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica
E anche su questo sito: http://www.molecularlab.it/bioinformatica/ |
 
La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
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Pamela
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecce
Città: Parabita
22 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2007 : 22:10:35
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Grazie sono sicura che mi serviranno queste definizioni!
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
 Inserito il - 10 maggio 2007 : 16:09:11
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Me gusta mucho questa cosa delle FAQs.
Buon lavoro!!!! |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2007 : 13:45:28
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| Idea geniale e molto MOLTO utile. |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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antobiotec
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 25 luglio 2007 : 00:13:30
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idea molto interessante |
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lullaby
Nuovo Arrivato
16 Messaggi |
Inserito il - 26 agosto 2007 : 14:27:11
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ciao mi sono appena iscritta.mi piace l'idea che hai proposto.
diamo più spazio alla bioinformatica, è molto interessante e utile!.e poi dobbiamo sfatare il mito che i biologi sono incapaci quando si parla di computer! |
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Cika
Nuovo Arrivato
Prov.: MS
10 Messaggi |
Inserito il - 27 gennaio 2008 : 11:47:50
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ciao, m serve una info
per fare allineamenti con PAM dove posso andare??su emboss nn l'ho trovata.. |
Cika. |
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rosy-25
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 31 gennaio 2009 : 17:45:23
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Ostrica_e_Lampone
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 20 gennaio 2010 : 16:50:05
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ciao ragazzi! sono una nuova iscritta...
avrei bisogno di una informazione: ho cercato su Ensembl la localizzazione cromosomica e genica di una proteina ed è specificato che questa si trova sul filamento reverse. cosa significa? nel senso, io ho sempre trovato i termini reverse e forward associati ai primers per PCR, per il DNA e i suoi processi (duplicazione e trascrizione) ho sempre usato i termini di leading e lagging strand.
Ringrazio chi risponderà  |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 17 febbraio 2010 : 11:48:50
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Citazione:
Messaggio inserito da Ostrica_e_Lampone
ciao ragazzi! sono una nuova iscritta...
avrei bisogno di una informazione: ho cercato su Ensembl la localizzazione cromosomica e genica di una proteina ed è specificato che questa si trova sul filamento reverse. cosa significa? nel senso, io ho sempre trovato i termini reverse e forward associati ai primers per PCR, per il DNA e i suoi processi (duplicazione e trascrizione) ho sempre usato i termini di leading e lagging strand.
Ringrazio chi risponderà
Ensembl, come tutti gli altri genome browser mantiene in banca dati la sequenza nucleotidica di un solo filamento; siccome il DNA è una molecola a doppio filamento il fatto che il gene sia localizzato sul filamento reverse, piuttosto che forward significa che il gene è posizionato sul filamento antisenso, ovvero quello opposto ricavato dal senso su cui è stato costruito l'assembly. Di conseguenza anche la sequenza la dovrai leggere al contrario (da destra verso sinistra).
P.S.: mi cospargo il capo di cenere nei confronti di tutti gli altri bioinformatici per l'eccessiva semplificazione ma spero di aver reso l'idea
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http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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chemistry88
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 09 aprile 2010 : 16:46:52
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| ciao ragazzi ieri ho fatto l'esame di bioinformatica e sono indecisa salcune domande una mi diceva che cosa è un path in una matrice io ho messo ke è uno degli allineamenti possibili in base a della opzioni ke ho scelto xo molti dicono di aver messo ke un path è l'allineamento migliore...poi una domanda che cosa fa la funzione gap extended penality e nn sapevo proprio cosa era e un altra sullo shotgun io ho messo ke diminuisce il numero di nuove sequenze quando aumenta la copertura ma una ragazza dice di aver messo ke la copertura deve essere almeno 100x ...potete aiutarmi xo cosi capisco se l'ho apssato o meno grazie |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 09 aprile 2010 : 18:15:44
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Il path su una matrice è un percorso possibile, non necessariamente il migliore...
La gap extended penality, come dice il termine, è una funzione che appunto penalizza maggormente gap estesi rispetto a indel di pochi residui (o nucleotidi) sul punteggio globale di un allineamento.
Per quanto riguarda lo shotgun non ho capito bene cosa vorresti sapere.... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Golgy
Nuovo Arrivato
Città: Pisa
1 Messaggi |
Inserito il - 01 giugno 2010 : 11:59:50
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| Ciao a tutti mi sono appena iscritta e vorrei sapere qualche notizia sul software "pDRAW32". Potreste aiutarmi? grazie |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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Discussione |
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Bioinformatica: Domande Comuni e Risposte (bozza)
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