BMC Bioinformatics e’ sempre stata la mia lettura (bioinformatica) preferita. Free access, più vario negli argomenti trattati rispetto a Bioinformatics , ha pure un buon impact factor, il che non guasta.

Volevo portar alla vostra attenzione un articolo molto interessante che è stato pubblicato nel Dicembre scorso, sull’uso degli Userscripts in campo scientifico (DOI:10.1186/1471-2105-8-487 ). Come ben espresso già nell’abstract, la necessità di usare aggregatori è ormai cosa che più di tutti, il bioinformatico comprende. Si contano migliaia di risorse di biochimica ormai disponibili in rete, tra blog, database, pubblicazioni scientifiche, wiki e quant’altro. Risulta sempre più difficoltoso quindi linkare tutto in un modo centralizzato, anche utilizzando linguaggi come Resource Description Framework e Web Ontology Language.
Uno sviluppo interessante e’ l’uso di user script atti a modificare configurazione e contenuto delle pagine web. Questo permette di aggregare informazione o risultati di computazioni da diverse fonti web in un’unica pagina di risultati. Per capirsi, un tipico esempio può essere la comparazione dei prezzi di negozi online.

L’articolo descrive come script di tipo Greasemonkey possono essere usati per combinare informazioni derivanti da diverse fonti biologiche. Consiglio per quanti non siano avvezzi a questi argomenti di leggere almeno l’articolo relativo di wikipedia (e’ pure in italiano! ). Per poi guardare come questa tecnica può facilmente essere usata, sfruttando API e URL, per collezionare informazioni attraverso solo con poche righe di codice.

A dimostrazione del fatto che se una risorsa e’ resa disponibile usando gli identificatori adeguati, Schema Standard e quant’altro, essa acquisisce un valore aggiunto notevole.

Pare proprio che qualche redattore di Nature Method abbia anche un lato goliardico! Ad accesso gratuito è apparso -nel nuovo numero- un articolo tra il serio e il faceto sulle potenzialità della spettrometria di massa applicata alla proteomica: Mass spectrometry: playing catch up.

A parte la presenza delle opinioni dei maggiori protagonisti del settore, questo articolo natalizio è arricchito da una “lista dei desideri” nella quale ognuno di questi moderni signorotti della proteomica esprimono un desiderio riguardante la tecnologia prossima ventura.

Eccovene un’estratto, i desideri di due grandi competitors:

“I would like to see another 2–3 orders of magnitude increase in the sensitivity and scan speed.”
John Yates, The Scripps Research Institute

“If and when the vendors get the software right, which directs the instrument, then the same instrument will be able to do much more. So I am hoping and waiting for that to happen.”
Matthias Mann, Max Planck Institute of Biochemistry in Martinsried
© 2007 Nature Publishing Group

Un approccio completamente diverso: il primo è esclusivamente Hardware-Oriented, il secondo è più un approccio “uso la testa, visto che la tecnologia è già avanzatissima”. In Effetti, migliorare ulteriormente sensibilità/risoluzione/velocità degli spettrometri faciliterebbe la vita, permetterebbe, per esempio, la riduzione dei falsi positivi durante l’identificazione delle proteine; questo non toglie che certi limiti rimarrebbero invariati (bug compresi) se lo sviluppo dell’hardware non va di pari passo con l’evoluzione del software!

Ora ditemi, dove si respira una sana aria bioinformatica??