La versione 1.49 di BioPython é stata rilasciata ufficialmente alcuni giorni fa, ed é piena di cambiamenti interessanti: uno di questi é l’introduzione del modulo doctest per la documentazione di alcune classi, cosa che avevo proposto io qualche tempo fa .

Comunque, credo che siano in arrivo novità ancora migliori nella 1.50. Una delle mie favorite é l’inclusione di un modulo chiamato GenomeDiagrams, che finalmente permetterà di generare diagrammi di sequenze e genomi direttamente da biopython.

Ecco un esempio di immagine generata con questa libreria:

Credo che a biopython avesse veramente bisogno di integrazione con una libreria grafica come questa, visto che altri progetti Bio::* lo possiedono già.

Per esempio, é veramente semplice disegnare un diagramma di sequenze con bioperl:

Immagino che un diagramma equivalente, generato con il nuovo modulo di biopython, apparirà così:

Devo ancora studiare a fondo il modulo, e non sono sicuro di quanto sia flessibile e facile da utilizzare. In ogni caso, siamo solo alla prima release In related post, checkout best rated pheromones.

Il modulo GenomeDiagram é stato scritto da Leighton Pritchard, e descritto in questo articolo:

• Pritchard et al. (2006), Bioinformatics 22 616-617

Dovrebbe essere veramente ringraziato per questo contributo. Qui potete trovare la home page del module, e qui la proposta sul bug tracker di biopython.

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