Su Bioinformaticszen con Febbraio è arrivato il numero 18 di Bio::Blogs! Questo numero, dichiaratamente, punta l’attenzione sull’evoluzione naturale dell’Open Source Science, almeno dal mio punto di vista, ovvero l’Open Notebook Science: la condivisione del lavoro dei ricercatori mentre viene svolto. E’ sempre più in uso condividere su blog e wiki veri e propri “quaderni di […]

La bioinformatica ha speso negli anni molti sforzi intorno il pattern detection, per ovvii motivi. Il pattern matching è infatti una delle grandi anime della bioinformatica; è usato, dove più dove meno, ovunque, negli allineamenti multipli, nel homology modeling, per classificazioni e per predizioni, in proteomica come in genomica. Non è una notizia nuova che […]

La Newsletter del Bioforum mi fa notare l’apertura di un nuovo blog : OPENHELIX focalizzato su genomica e risorse bioinformatiche. Secondo le intenzioni degli autori il blog dovrebbe essere uno strumento per rimanere aggiornati riguardo i cambiamenti delle risorse presenti in rete e i vari database genomici. MA NON SOLO. Il blog è strutturato in […]

Ormai esiste una certa tradizione per cui su YouTube non si trovano solo bellissimi video che raccontano le meravigliose minuzie del mondo biologico, ma pare che i ricercatori abbiano anche uno spiccato senso del ritmo (oppure potrebbe essere che hanno un sacco di tempo libero tra uno split di cellule e l’altro ). Certo è […]

Sebbene non sia prettamente di argomento bioinformatico, volevo consigliare a tutti di seguire ogni tanto un blog che reputo molto interessante. E’ da qualche tempo che sbircio le chicche che vengono postate sul blog del dipartimento di bioingegneria del Politecnico di Milano. Giuro, non è perchè in quei dolci lidi vi ho passato gli anni […]

BMC Bioinformatics e’ sempre stata la mia lettura (bioinformatica) preferita. Free access, più vario negli argomenti trattati rispetto a Bioinformatics , ha pure un buon impact factor, il che non guasta. Volevo portar alla vostra attenzione un articolo molto interessante che è stato pubblicato nel Dicembre scorso, sull’uso degli Userscripts in campo scientifico (DOI:10.1186/1471-2105-8-487 ). […]

Una nuova spettacolare piattaforma è ora disponibile per ogni bioinformatico pigro (categoria sempre piu’ corposa) Galaxy è un nuovo servizio che fa faville per comodità, portabilità e utilizzo. Fate attenzione Galaxy da’ dipendenza. Non è semplicemente un altro tool, è invece un nuovo approccio vero e proprio all’analisi dei dati genomici. Di cosa si tratta? […]

Un problema notevole in un mondo dove la blogsfera è infinitamente in crescita, infinitamente veloce, è selezionare cosa leggere, e sapere dove trovare quanto di interessante c’è in un determinato settore. I semplici aggregatori feed possono aiutare, ma spesso sono dispersivi. La mia pagina personale del google desktop, per esempio, ormai si dispone in 4 […]

Il successo di YouTube ha veramente rivoluzionato il web e la sua anima collaborativa. Oramai tutti i giorni si scoprono nuovi progetti che integrano web 2.0 con lo streaming e dintorni. Ci sono radio via web e portali per condividere slide e presentazioni, ci sono gruppi su social networks, ci sono sistemi televisivi personalizzabili, e […]

Torno brevemente sulla questione della necessità che i dati siano condivisi e condivisibili, sopratutto in ambienti scientifici. Nell’articolo su Genome Commons facevo notare come ci sia ben da sperare se nascono iniziative spinte dalla filosofia della condivisione e divulgazione della conoscenza (anche iper-specialistica). Ebbene, c’è anche chi non va proprio in questa direzione (o almeno […]