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barbaraISS
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 20 giugno 2009 : 16:01:23
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gentile staff, chiedo un piccolo aiuto nel calcolo dell'IC50 nella valutazione della citotossicità cellulare di un ligando
Una volta ottenuto il grafico dose/risposta, con concentrazioni in scala logaritmica, come faccio a risalire all'esatto valore di concentrazione al 50%???
Allego il grafico ottenuto...
Allegato:  graph IC50 prova.xls
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Giuliano652
Moderatore
Prov.: Brescia
6940 Messaggi |
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barbaraISS
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 21 giugno 2009 : 10:25:14
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| Leggendo il protocollo che mi hai indicato, sono riuscita a definire il primo risultato dalla formula indicata. Il passo successivo però, non so se è applicabile. Ad esempio il valore ottenuto è 0,86 e la concentrazione di ligando corrispondente alla % immediatamente superiore a 50 è 0,25 nM.... ed ora? Concettualmente credo che il protocollo sia applicabile, perchè nell'esempio si parla di effetto citopatico virale, nel mio caso di un ligando, ma sempre di citossicità si parla....no?? |
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Giuliano652
Moderatore
Prov.: Brescia
6940 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2009 : 20:35:10
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sì infatti... dunque, 0,25 nM, a seconda di come vuoi interpretare i risultati, puoi dire che sono 2,5 x 10^-10 M, o anche 2,5 x10^-1 nM... insomma, regolati tu... Puoi aggiungere all'esponente lo 0,86 e vedere quanto viene il numero, ad esempio, calcolato in molarità:
2,5 x 10^-10,81 = 3,87 x 10^-11, quella dovrebbe essere la concentrazione a 50%. Ora, nel caso dei virus devi togliere il meno all'esponente per avere il titolo, ma credo che nel tuo caso non si debba fare.
Non sono sicurissimo, ma visto che questa è una procedura matematica più che una tecnica di virologia, direi che è adattabile |
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barbaraISS
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2009 : 16:34:54
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| Qualcuno con altri suggerimenti consigli....solo per esserne completamente sicura.... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 02 luglio 2009 : 16:52:54
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| Beh, fai un fitting di una curva appropriata (non ho guardato i dati ma immagino sia una sigmoide) e una volta che hai l'equazione poni y a 50% e trovi x. |
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Ni85
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2011 : 11:56:23
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| Ciao Barbara ho letto il tuo post ormai datato hai percaso risolto per IC50 mi trovo nella tua stessa situazione ho i valori delle concentrazioni e i valori delle percentuali (ottenute con MTT ovvero di vitalità cellulare) e adesso??? ho preso il graph pad ma non riesco ausarlo tu hai trovato un modo??grazie! |
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ValeCGC
Utente
746 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2011 : 17:16:26
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io usavo il graphpad prism, ma era un po' incasinato effettivamente, e ho rimosso dalla mia mente..cmq ci sono le opzioni per impostare il calcolo dell'ic50 e per impostare il foglio di calcolo nel modo corretto, le trovi nella guida. solo che a volte con alcuni risultati magari un po' strani..bastano uno o due valori troppo diversi (dovuti ad un errore casuale e non sistematico) che non riesce più a calcolartela.
il calcolo lo fa anche excel, è una cosa semplice, un po' meno precisa di prism però..che ti consiglierei di imparare ad usare... adesso non ho tempo di andare a riguardare nei fogli excel coi dati della tesi, che non ho più nel computer,cmq la funzione che usavo io in excel era forecast...mi pare una roba tipo forecast(50, range delle concentrazioni, range della percentuale di vitalità) dopo aver normalizzato in percentuale rispetto ai due controlli...è un po' macchinosa e artificiale come cosa..meglio prism |
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delver
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2015 : 10:35:30
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Scusate io devo calcolare l'IC50 con un grafico excel.. ma non ho la minima idea di come si fa. Ho fatto un MTT quindi i miei dati sono: % di cellule vive e concentrazioni di farmaco usate. Da dove devo partire? Mi potete dare una mano.
Grazie   |
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