Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

17 gennaio 2008 - 11:55

PCR song (La ricerca va a braccetto con la musica)

Ormai esiste una certa tradizione per cui su YouTube non si trovano solo bellissimi video che raccontano le meravigliose minuzie del mondo biologico, ma pare che i ricercatori abbiano anche uno spiccato senso del ritmo (oppure potrebbe essere che hanno un sacco di tempo libero tra uno split di cellule e l’altro :-) ).

Certo è che una mente creativa ama esprimersi in mille modi diversi, e anche quando la scienza assume un aspetto goliardico i risultati sono spesso incredibili! Mi è capitato sotto gli occhi questo piccola chicca.
Have fun!

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Tags: Musica, Scienza, video, Youtube
14 gennaio 2008 - 18:41

heart health supplements to take

Confused or overwhelmed about supplements? Your doctor can help you find the right combination.

Our modern world can bring overwhelming amounts of information aimed at helping us get healthier through supplements. Often, some people will see improvements, while others won’t. Here are some supplements that can help boost the effects of healthy diet and exercise for your precious heart, and one supplement to avoid.

In the United States, dietary supplements are substances you eat or drink. They can be vitamins, minerals, herbs or other plants, amino acids (the individual building blocks of protein), or parts of these substances. They can be in pill, capsule, tablet, or liquid form. They supplement (add to) the diet and should not be considered a substitute for food.  These are just some of the healthy benefits that biofit provides.

Click the name of each supplement to see more information, including results from studies, showing uses and doses. You can share this information with your doctor to find the right supplements for you.

1. Multivitamin & mineral

Vitamins and minerals taken in appropriate doses may aid in lowering heart disease risk. Whole foods should be the main source of nutrients, and research shows that many people fall short of recommended intakes.

A supplement can’t make up for unhealthy eating habits, but sometimes even people who have healthy eating habits find it hard to get all the fruits, vegetables, and other healthy foods they need. A supplement can help fill in the gaps.

Numerous studies suggest positive association between taking vitamin and mineral supplements, and heart disease prevention. Vitamin and mineral supplements can be safe and inexepensive and may provide a health benefit. Read more about Alpha heater.

2. Coenzyme Q10 (Co Q10)

Coenzyme Q10 (CoQ10) is a substance similar to a vitamin. It is found in every cell of the body. Your body makes CoQ10, and your cells use it to produce energy your body needs for cell growth and maintenance. It also functions as an antioxidant, which protects the body from damage caused by harmful molecules. CoQ10 is naturally present in small amounts in a wide variety of foods, but levels are particularly high in organ meats such as heart, liver, and kidney, as well as beef, soy oil, sardines, mackerel, and peanuts.

Coenzymes help enzymes work to help protect the heart and skeletal muscles.

CoQ10 is also said to help heart failure, as well as boost energy, and speed recovery from exercise. Some people take it to help reduce the effects certain medicines can have on the heart, muscles and other organs.

3. FiberThe best way to get fiber is from food. However, if you don’t include enough fiber-rich food in your diet and choose to use a fiber supplement, choose a product that has different types of fiber in it-both soluble and insoluble. When taking a fiber supplement, be sure to stay well hydrated. Check out the latest Exipure reviews.

Psyllium fiber may help lower cholesterol when used together with a diet low in cholesterol and saturated fat.

If you choose to take a fiber supplement, be sure you don’t inadvertently purchase a laxative supplement instead. The labels on both types of supplements may say something like “regulates bowel patterns.”

Fiber seems to be most effective used in conjunction with diet and exercise for contributing to weight loss.

4. Omega-3 fatty acids

Omega-3 polyunsaturated fatty acids are found in oil from certain types of fish, vegetables, and other plant sources. These fatty acids are not made by the body and must be consumed in the diet or through supplements, often “fish oil.”

Omega-3 polyunsaturated fatty acids work by lowering the body’s production of triglycerides. High levels of triglycerides can lead to coronary artery disease, heart disease, and stroke. Omega-3 polyunsaturated fatty acids used together with diet and exercise help lower triglyceride levels in the blood.

In a double-blind study of patients with chronic heart failure, supplementation with fish oil resulted in a small but statistically significant decrease in the number of patients who died or were hospitalized for cardiovascular reasons. In another double-blind trial, supplementation improved heart function and decreased the number of hospitalizations in some patients. Get the best results with synogut.

5. Magnesium

Low magnesium levels can be a predictor of heart disease, research has revealed. Low magnesium has been linked with cardiovascular risk factors such as: high blood pressure, arterial plaque build-up, calcification of soft tissues, cholesterol and hardening of the arteries.

Magnesium supplements come in various forms and mineral combinations, such as magnesium citrate , magnesium gluconate, magnesium hydroxide and the popular form of magnesium sulfate , also known as Epsom salt, used in baths and foot soaks for sore, tired muscles.

Tags: Bioingegneria, Blog, Milano
9 gennaio 2008 - 13:18

Aggregare e Organizzare l’informazione (Userscripts scientifici)

BMC Bioinformatics e’ sempre stata la mia lettura (bioinformatica) preferita. Free access, più vario negli argomenti trattati rispetto a Bioinformatics , ha pure un buon impact factor, il che non guasta.

Volevo portar alla vostra attenzione un articolo molto interessante che è stato pubblicato nel Dicembre scorso, sull’uso degli Userscripts in campo scientifico (DOI:10.1186/1471-2105-8-487 ). Come ben espresso già nell’abstract, la necessità di usare aggregatori è ormai cosa che più di tutti, il bioinformatico comprende. Si contano migliaia di risorse di biochimica ormai disponibili in rete, tra blog, database, pubblicazioni scientifiche, wiki e quant’altro. Risulta sempre più difficoltoso quindi linkare tutto in un modo centralizzato, anche utilizzando linguaggi come Resource Description Framework e Web Ontology Language.
Uno sviluppo interessante e’ l’uso di user script atti a modificare configurazione e contenuto delle pagine web. Questo permette di aggregare informazione o risultati di computazioni da diverse fonti web in un’unica pagina di risultati. Per capirsi, un tipico esempio può essere la comparazione dei prezzi di negozi online.

L’articolo descrive come script di tipo Greasemonkey possono essere usati per combinare informazioni derivanti da diverse fonti biologiche. Consiglio per quanti non siano avvezzi a questi argomenti di leggere almeno l’articolo relativo di wikipedia (e’ pure in italiano! ). Per poi guardare come questa tecnica può facilmente essere usata, sfruttando API e URL, per collezionare informazioni attraverso solo con poche righe di codice.

A dimostrazione del fatto che se una risorsa e’ resa disponibile usando gli identificatori adeguati, Schema Standard e quant’altro, essa acquisisce un valore aggiunto notevole.

Tags: Aggregatori, articolo, bioinformatica, Greasemonkey, Userscripts
2 gennaio 2008 - 13:46

Wired Science: Comunicare la scienza (for dummies)

Eccoci al primo post del nuovo anno!
Anche qui in Inside Bioinfo ci si è dedicati alla giusta pennica per qualche giorno. Ma ora rieccoci più forti e carichi di prima!
Per il nuovo anno un buon proposito che mi piacerebbe venisse adottato da quanta più gente di scienza possibile è la volontà di comunicare la scienza il più semplicemente possibile. Questo è quanto io stesso mi proporrò, collaborando e scrivendo post che si distinguano in due categorie: 1) più tecnici – sempre più particolareggiati 2) più immediati, più intesi a divertire e a comunicare un semplice concetto: la bellezza della scienza!

Perchè è fondamentale che molti di noi si profondano in questo sforzo? Fondamentalmente per motivi egoistici. Per far scienza bene occorrono fondi. Tanti. Occorre quindi che sovvenzioni (che siano statali o meno), donazioni e quant’altro crescano il più possibile. Per far ciò occorre che tutti, anche le persone più comuni recepiscano la ricerca scientifica non come un concetto astratto, ma come un aspetto cruciale per la crescita e la qualità della vita di ogni giorno per ognuno.
Da parte dello scienziato c’è sempre stata un po’ di presunzione nel presupporre che tutti comprendano il fortissimo ruolo che ha la scienza sulla società. E’ sbagliato credere che quanto diverga dalla scienza più pura non debba essere preso seriamente. Questo approccio tende solo ad inasprire le barriere.

La comunicazione con il mondo, come liberi pensatori, deve focalizzarsi su una scienza più accessibile. La nostra capacità di comunicare deve avvenire su molti livelli, come ci insegna spesso Veronesi. Una scienza che sia altamente educativa dovrebbe essere uno dei grandi obiettivi di ognuno.
Questo compromette la qualità della ricerca? Assolutamente no! Occorre solo abbandonare l’arroganza dipica dello scienziato che crede che, per il fatto di avere le evidenze sperimentali dalla propria parte, ognuno debba sottoscrivere il suo punto di vista.
Per questo buon proposito partiamo avantaggiati. Già nel 2007 si sono visti ottimi esempi di SHOW scientifici. Uno per tutti è il programma WiredScience, che produce una trasmissione scientifica d’ottimo livello, ma anche semplice e divertente! Consiglio a tutti di passare un po’ di tempo sulle loro frequenze!

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Buon anno a tutti!

Tags: Comunicare, Scienza, Società, WiredScience
10 dicembre 2007 - 16:50

Moleculat Mat (nuovo progettino didattico)

Oggi vorrei fare una mini dichiarazione d’intenti, e far partire una nuova iniziativa: un progetto un attimo più ambizioso, che sia in grado di dare un valore più duraturo ai post che scrivo.

Troppo spesso ci si dimentica degli aspetti più “teorici” su cui si fonda la bioinformatica. Essa sfrutta, nei vari settori, tanti altri interessantissimi approcci matematico-computazionali.
A dimostrazione si vada a leggere l’indice dell’ultimo numero di Bioinformatics (anche solo l’indice è galvanizzante): strategie predittive, algoritmi genetici, clustering, alberi gerarchici, support-vector-machine…
Non c’è solo la statistica! :-) La cristallografia, la system biology, la filogenetica si legano spesso indissolubilmente a questi argomenti! E alle volte non li sfruttano ancora a pieno, secondo la mia modesta opinione.

In effetti, le necessità di alte prestazioni computazionali, che distinguono molti aspetti della bioinformatica, comportano lo sviluppo di tool che hanno fondamenta teoriche di grande fascino.

In quest’ottica vorrei proporre delle piccole escursioni nelle basi di questi interessanti argomenti. Per quanto possa; e nel caso non avessi proprio competenza per introdurre un argomento, cercherò di coivolgere altri con piccole ma intense collaborazioni. Cercherò, inoltre di strutturare gli argomenti secondo diversi aspetti che andranno completandosi vicendevolmente. Nel blog vi proporrò i soliti post, descrizioni che diano una visione a grandi linee. Insieme ad esso metterò a disposizione su slideshare delle presentazioni powerpoint che siano più incisive e configurino l’argomento in modo più rigoroso.
Infine verrà proposto una relazione più completa che cerchi di ampliare ancor di più l’argomento, portare esempi pratici
e via dicendo…

In attesa di integrare tutti questi aspetti nel laboratorio di molecular lab, ho aperto un nuovo blog-collector a base wordpress: MOLECULAR MAT (inteso come “molecular material“).
Per iniziare ho realizzato una escursione “beta-version” sugli alberi dei suffissi, furteggiando di qui e di là in rete. :-)

Spero che lo sforzo possa essere gradito.

Ciao a tutti

Tags: bioinformatica, Collaborazione, Didattica, MolecularMat, Progetto
4 dicembre 2007 - 19:08

Quanto si guadagna a fare scienza?

Interessante ed esaustiva, la ricerca della commissione di monitoraggio europea dà un interessante spaccato delle disparità di trattamento economico nei vari paesi europei. Ce ne sarebbe da fare di analisi interessanti, ma dando una veloce lettura il commento che mi vien di fare è per lo più: “c’è poco da stare allegri…”

Dateci un’occhiata e ditemi cosa ne pensate!

(grazie ad Gabriele Bucci per aver portato all’attenzione questo documento).

Update: per completare l’escursione nel valore economico della scienza, vi rimando anche al post di Mattions .

Tags: Confronti, Documenti, Guadagni, Scienza
3 dicembre 2007 - 13:21

E-learning universitario (didattica easily)

Questa volta esco un attimo dagli agomenti bioinformatici con cui vi stresso di solito, per far da piccola cassa di risonanza ad un nuovo progetto di e-learning sviluppato dall’Università di Napoli Federico II. Si chiama “Federica“, e guardando anche solo il layout del sito, non posso che ammirare lo sforzo che è stato speso per costruire una struttura di facile uso, e dinamica.

Personalmente sono un grande estimatore dell’e-learning, sebbene non sempre il materiale che viene messo a disposizione in alcuni siti sia all’altezza delle aspettative. :-(

Al momento su Federica non tutti i corsi sono operativi, ma quanto c’è fa ben sperare. E-learning a livello universitario e distribuito gratuitamente è sempre ben gradito!

Tags: E-learning, Università
30 novembre 2007 - 11:54

Spettrometria di massa Natalizia (lista dei desideri dei big boss della proteomica)

Pare proprio che qualche redattore di Nature Method abbia anche un lato goliardico! Ad accesso gratuito è apparso -nel nuovo numero- un articolo tra il serio e il faceto sulle potenzialità della spettrometria di massa applicata alla proteomica: Mass spectrometry: playing catch up.

A parte la presenza delle opinioni dei maggiori protagonisti del settore, questo articolo natalizio è arricchito da una “lista dei desideri” nella quale ognuno di questi moderni signorotti della proteomica esprimono un desiderio riguardante la tecnologia prossima ventura.

Eccovene un’estratto, i desideri di due grandi competitors:

“I would like to see another 2–3 orders of magnitude increase in the sensitivity and scan speed.”
John Yates, The Scripps Research Institute

“If and when the vendors get the software right, which directs the instrument, then the same instrument will be able to do much more. So I am hoping and waiting for that to happen.”
Matthias Mann, Max Planck Institute of Biochemistry in Martinsried
© 2007 Nature Publishing Group

Un approccio completamente diverso: il primo è esclusivamente Hardware-Oriented, il secondo è più un approccio “uso la testa, visto che la tecnologia è già avanzatissima”. In Effetti, migliorare ulteriormente sensibilità/risoluzione/velocità degli spettrometri faciliterebbe la vita, permetterebbe, per esempio, la riduzione dei falsi positivi durante l’identificazione delle proteine; questo non toglie che certi limiti rimarrebbero invariati (bug compresi) se lo sviluppo dell’hardware non va di pari passo con l’evoluzione del software!

Ora ditemi, dove si respira una sana aria bioinformatica?? :-)

Tags: articolo, bioinformatica, Nature, Proteomica, Spettrometria di massa
22 novembre 2007 - 13:56

GALAXY (finalmente la genomica for dummies!)

Una nuova spettacolare piattaforma è ora disponibile per ogni bioinformatico pigro (categoria sempre piu’ corposa) :-)
Galaxy è un nuovo servizio che fa faville per comodità, portabilità e utilizzo.
Fate attenzione Galaxy da’ dipendenza. Non è semplicemente un altro tool, è invece un nuovo approccio vero e proprio all’analisi dei dati genomici.
Di cosa si tratta?
Come esplicitamente dichiarato nel wiki, Galaxy è una piattaforma disegnata per due comunità che raramente comunicano tra loro:
i biologi sperimentaliI really have no time to program but I want to do whole-genome analyses to find targets for experimental validation“, e i biologi computazionaliI develop algorithms but have no time to develop interfaces”.

L’idea di fondo è quella di sfruttare la sostanziale standardizzazione dei dati genomici che vengono prodotti negli angoli più
riposti del mondo e messi a disposizione in tabelle dell UCBS browser. Spesso le analisi genomiche, massive o finalizzate che siano, si possono condensare nell’applicazione di operazioni di filtraggio, conversione, data mining manipulation o analisi statistiche (più o meno adeguate). Naturalmente, le medesime operazioni su dati diversi generano risultati diversamente significativi, e necessitano successivamente una forte componente interpretativa.

Perchè allora non condividere tutti gli aspetti computazionali su un’unica piattaforma?

Ecco che allora Galaxy mette a disposizione un’interfaccia comodissima, per implementare l’upload dei propri dati, navigarci dentro, esaminarli, e quant’altro.

Ma questo non è tutto. Il sistema è costruito per permettere anche la customizzazione dei tools! Immaginate di aver realizzato uno spettacolare script in Perl in grado di fare l’analisi statistica piu’ raffinata al mondo.

>perl toolExample.pl $input $option1 $option2 $output

In pochi semplici passi potete inserirlo nella vostra directory personale “/myTools”, creando un file xml di configurazione
che vada ad indicare a Galaxy i dettagli di esecuzione:

<tool id=”chip-chip_analysis" name=”PeakPicker">
<description>Finding Peaks in a GFF Nimblegen File</description>
<command interpreter="perl">toolExample.pl $input $option1 $option2 $output</command>
<inputs>
<param format=”gff" name="input" type="data" label="Source file"/>
<param name=”option1" type=”integer” label=”Option 1" />
<param name=”option2" type="data_column" data_ref="input" numerical="True" label=”Option 2" />
</inputs>
<outputs>
<data format=”bed" name="output" />
</outputs>
</tool>

E a quel punto avrete a vostra disposizione nella colonna dei tools il vostro Script, integrato perfettamente all’interfaccia.
Magia!

Update: Ecco, grazie al bioamico Matteo Cesaroni una bella presentazione di Galaxy via slideshare, da cui avevo tratto ispirazione per il post. Lo trovate su Bioinfusion, grazie alle mille potenzialità di wordpress!

Tags: analisi dati, bioinformatica, Galaxy, Genomica
21 novembre 2007 - 17:11

The DNA Network (un occhio di sbieco sul mondo della science-blog-sphere)

Un problema notevole in un mondo dove la blogsfera è infinitamente in crescita, infinitamente veloce, è selezionare cosa leggere, e sapere dove trovare quanto di interessante c’è in un determinato settore. I semplici aggregatori feed possono aiutare, ma spesso sono dispersivi.
La mia pagina personale del google desktop, per esempio, ormai si dispone in 4 tag divisi per argomento, e ognuno di esso è stracolmo di feed a blog che desidererei seguire assiduamente.

 

Ormai sono tantissimi anche i blog di bioinformatica, e di scienza in genere, e seguirli tutti diventa troppo time-consuming.

Una delle soluzioni che ho adottato è stata quella di utilizzare un servizio ancora in beta che mette a disposizione feedburner, ovvero i FB Network. Network di blog. Nel mio caso seguo con piacere THE DNA NETWORK!

 

I blogger vengono invitati ad iscrivere il proprio blog ad un “gruppo tematico”, dopo di che i titoli e gli starter dei diversi post vengono proposti in una unica pagina online aggiornata in real time. E’ un’alternativa all’uso dei tag in technorati o tag bioinformatici di wordpress. Scorrendo questa pagina si riesce a selezionare velocemente articoli e notizie flash che ci possono essere sfuggite.
Naturalmente, non c’è tutto lo scibile d’interesse, però capita spesso che l’attenzione cada su un articolo o un tool che altrimenti non avremmo mai preso in considerazione, e il tempo speso è veramente poco.

Have Fun!

Tags: Aggregatori Feed, bioinformatica, BlogSfera, DNA Network