Bioinformatica e Web 2.0

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Bio-Linux Live DVD

» di 5 marzo 2008 - 15:46 » Comments (5)

Letto l’articolo su Programmazione.it su Bio-Linux, una distribuzione per bioinformatici, e presa l’occasione di dover rasare il Dell di mio padre, ho sostituito un dolce Ubuntu che stava andando ininterrottamente senza problemi da 132 giorni con BioLinux, ovvero una distribuzione base Debian per Bioinformatici. Per saperne di più vi rimando all’articolo di Francesco Corsentino sopra […]



Gene Characterization Index (CGI? what’s up!)

» di 15 febbraio 2008 - 11:09 » Comments (0)

“Uno score per indicizzare il livello di caratterizzazione dei geni” Prima o poi chi gioca al Bioinformatico si ritrova ad affrontare la sfida di progettare un sistema di indicizzazioine e scoring. Ce ne sono di ogni tipo, possono esserci score statistici, algoritmici, induttivi, euristici, gerarchici… ci si perde facilmente tra curve poissoniane del rumore, condizioni […]



Mille e piu’ genomi (o della poca fantasia dei mega consorzi scientifici)

» di 25 gennaio 2008 - 11:50 » Comments (2)

Leggo or ora su Cordis la notizia della partenza di un nuovo progetto chiamato “1000 Genomes”, e mi chiedo se ce ne fosse veramente bisogno. Non metto in dubbio la validità scientifica del progetto in se’; il suo scopo è la compilazione di un catalogo di varianti presenti per lo meno nell’1% della popolazione umana. […]



Moleculat Mat (nuovo progettino didattico)

» di 10 dicembre 2007 - 16:50 » Comments (5)

Oggi vorrei fare una mini dichiarazione d’intenti, e far partire una nuova iniziativa: un progetto un attimo più ambizioso, che sia in grado di dare un valore più duraturo ai post che scrivo. Troppo spesso ci si dimentica degli aspetti più “teorici” su cui si fonda la bioinformatica. Essa sfrutta, nei vari settori, tanti altri […]



E-learning universitario (didattica easily)

» di 3 dicembre 2007 - 13:21 » Comments (5)

Questa volta esco un attimo dagli agomenti bioinformatici con cui vi stresso di solito, per far da piccola cassa di risonanza ad un nuovo progetto di e-learning sviluppato dall’Università di Napoli Federico II. Si chiama “Federica“, e guardando anche solo il layout del sito, non posso che ammirare lo sforzo che è stato speso per […]



Progetto bioSapiens (corsi e dintorni)

» di 9 novembre 2007 - 11:09 » Comments (0)

Su Cordis , un altro interessante articolo punta il dito sull’importanza della bioinformatica. Si parla del progetto BioSapiens, un altro di quegli enormi aglomerati di istituti europei attorno a una progetto troppo grosso per essere condotto da un singolo istituto. Queste join venture scientifiche saranno anche di moda (perchè fanno circolare una buona quantità di […]



Genome Commons (Farsi il genoma da soli)

» di 6 novembre 2007 - 15:03 » Comments (3)

Ricordo quando anni fa incontrai per la prima volta la parola “Commons” insieme a “proteomica”. Proteomecommons fu un sito di grande interesse. Lo si sarebbe dovuto mettere su un piedistallo solo per 2 aspetti: distribuivano l’archivio dei dati e dei tool via torrent, e avevano realizzato la geniale trovata della fetta di torta che viene […]



GPU Computing

» di 25 giugno 2007 - 10:49 » Comments (0)

Non so se ve ne siete accorti, negli ultimi tempi non si parla d’altro:GPU computing. Ma cosa significa GPU computing? Essenzialmente si tratta di demandare routine di calcolo alla GPU (Graphics Processing Unit), ovvero il processore della vostra scheda video. Ci sono svariati motivi per cui si è intrapresa questa via. Il primo, e probabilmente […]



Un nuovo motore di ricerca bioinformatico condiviso

» di 22 giugno 2007 - 12:16 » Comments (1)

Tra i mille e mille nuovi prodotti che Google sempre sperimenta, ve ne è uno che si allontana un po’ dall’approccio solito Googlesco di “customizzare i servizi per ogni singolo utente“. Ovvero Google di solito ti fornisce la possibilità di ricordare le TUE ricerche, ti fornisce le news sulla base delle TUE preferenze, ti permette […]



blast su DB – una nuova proposta (progetti utili o disutili?)

» di 18 giugno 2007 - 17:39 » Comments (4)

Blast è molto probabilmente al momento l’algoritmo migliore per allineamento di sequenze. Come viene definito ufficialmente: The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and […]