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Oggi vorrei fare una mini dichiarazione d’intenti, e far partire una nuova iniziativa: un progetto un attimo più ambizioso, che sia in grado di dare un valore più duraturo ai post che scrivo.
Troppo spesso ci si dimentica degli aspetti più “teorici” su cui si fonda la bioinformatica. Essa sfrutta, nei vari settori, tanti altri interessantissimi approcci matematico-computazionali.
A dimostrazione si vada a leggere l’indice dell’ultimo numero di Bioinformatics (anche solo l’indice è galvanizzante): strategie predittive, algoritmi genetici, clustering, alberi gerarchici, support-vector-machine…
Non c’è solo la statistica! 
La cristallografia, la system biology, la filogenetica si legano spesso indissolubilmente a questi argomenti! E alle volte non li sfruttano ancora a pieno, secondo la mia modesta opinione.
In effetti, le necessità di alte prestazioni computazionali, che distinguono molti aspetti della bioinformatica, comportano lo sviluppo di tool che hanno fondamenta teoriche di grande fascino.
In quest’ottica vorrei proporre delle piccole escursioni nelle basi di questi interessanti argomenti. Per quanto possa; e nel caso non avessi proprio competenza per introdurre un argomento, cercherò di coivolgere altri con piccole ma intense collaborazioni. Cercherò, inoltre di strutturare gli argomenti secondo diversi aspetti che andranno completandosi vicendevolmente. Nel blog vi proporrò i soliti post, descrizioni che diano una visione a grandi linee. Insieme ad esso metterò a disposizione su slideshare delle presentazioni powerpoint che siano più incisive e configurino l’argomento in modo più rigoroso.
Infine verrà proposto una relazione più completa che cerchi di ampliare ancor di più l’argomento, portare esempi pratici
e via dicendo…
In attesa di integrare tutti questi aspetti nel laboratorio di molecular lab, ho aperto un nuovo blog-collector a base wordpress: MOLECULAR MAT (inteso come “molecular material“).
Per iniziare ho realizzato una escursione “beta-version” sugli alberi dei suffissi, furteggiando di qui e di là in rete.
Spero che lo sforzo possa essere gradito.
Ciao a tutti
Grande!
Ma lo vuoi lasciare molto sugli aspetti teorici oppure anche dare qualche esempio pratico di come applicare ciò che spieghi in teoria (magari inserendo anche del codice/pseudocodice)
beh, non esageriamo. Codice lo potrei inserire nel caso abbia già in passato sviluppato qualcosina a riguardo (per esempio sulle reti neurali ho già fatto qualche tentativo con Matlab su un problemino di proteomica) ma per molti altri argomenti, sviluppare ad hoc del codice (pseudo che sia) mi prenderebbe troppo tempo. :-/
Daltronde per avere esempi pratici basta leggere proprio qualche bel articolo su bioinformatics.
Ottima idea! complimenti!
Ti posso dare una mano? Aggiungo il link anche sull’altro blog che ho aggiornato da poco il blog-roll.
Naturalmente questo progetto e’ aperto ad ogni forma di collaborazione. Chiunque voglia mettersi ad aggiungere materiale, slides, o relazioni è ben accetto! L’idea era proprio quella di far partecipare più persone possibili, in modo da collezionare un’ampio spettro di argomenti trattati. Invitate i vostri amici a essere creativi!
L’INGEGNERIA GENETICA SARA’ SEMPRE IL NOSTRO FUTURO .