Bioinformatica e Web 2.0

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9 gennaio 2008 - 13:18

Aggregare e Organizzare l’informazione (Userscripts scientifici)

BMC Bioinformatics e’ sempre stata la mia lettura (bioinformatica) preferita. Free access, più vario negli argomenti trattati rispetto a Bioinformatics , ha pure un buon impact factor, il che non guasta.

Volevo portar alla vostra attenzione un articolo molto interessante che è stato pubblicato nel Dicembre scorso, sull’uso degli Userscripts in campo scientifico (DOI:10.1186/1471-2105-8-487 ). Come ben espresso già nell’abstract, la necessità di usare aggregatori è ormai cosa che più di tutti, il bioinformatico comprende. Si contano migliaia di risorse di biochimica ormai disponibili in rete, tra blog, database, pubblicazioni scientifiche, wiki e quant’altro. Risulta sempre più difficoltoso quindi linkare tutto in un modo centralizzato, anche utilizzando linguaggi come Resource Description Framework e Web Ontology Language.
Uno sviluppo interessante e’ l’uso di user script atti a modificare configurazione e contenuto delle pagine web. Questo permette di aggregare informazione o risultati di computazioni da diverse fonti web in un’unica pagina di risultati. Per capirsi, un tipico esempio può essere la comparazione dei prezzi di negozi online.

L’articolo descrive come script di tipo Greasemonkey possono essere usati per combinare informazioni derivanti da diverse fonti biologiche. Consiglio per quanti non siano avvezzi a questi argomenti di leggere almeno l’articolo relativo di wikipedia (e’ pure in italiano! ). Per poi guardare come questa tecnica può facilmente essere usata, sfruttando API e URL, per collezionare informazioni attraverso solo con poche righe di codice.

A dimostrazione del fatto che se una risorsa e’ resa disponibile usando gli identificatori adeguati, Schema Standard e quant’altro, essa acquisisce un valore aggiunto notevole.

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  • dalloliogm - 12 gennaio 2008 # 1

    Molto interessante, ottima segnalazione!!
    Io uso greasemonkey ma per cose molo limitate. Avevo provato a mettere le mani su Dive Into Greasemonkey per impararlo, ma alla fine non ho avuto tempo :(

 

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