Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

30 gennaio 2008 - 17:37

La proprietà transitiva della Bioinformatica

La bioinformatica ha speso negli anni molti sforzi intorno il pattern detection, per ovvii motivi. Il pattern matching è infatti una delle grandi anime della bioinformatica; è usato, dove più dove meno, ovunque, negli allineamenti multipli, nel homology modeling, per classificazioni e per predizioni, in proteomica come in genomica.
Non è una notizia nuova che IBM stia applicando con successo alcune tecniche usate in bioinformatica per la ricerca di pattern nel DNA nel campo dell’identificazione dello spam (l’algoritmo Teiresias sviluppato da Chung-Kwei). Daltronde lo stesso George Harik, uno dei primi dieci ingegneri di Google, e che collabora a sistemi “intelligenti” come Adsense e Gmail anti-spam, ha un background che coinvolge algoritmi genetici.

Tutto questo per dimostrare come grandi vantaggi possono venirne dal sapere far tesoro dell’interazione di settori scientifici anche distanti (apparentemente). Naturalmente sarebbe auspicabile una relatione tra bioinformatica e altre scienze che non sia intransitiva.
Un interessante articolo su openHelix circa le difficoltà di navigare, attraverso metodi intelligenti, nel mare magnum
della letteratura scientifica
, mette l’accento (anche) su questo aspetto:

we pointed out that all or most of the demonstrably useful biomedical text mining systemshave been built not by text mining specialists, but by computational biologists. Why might this be? Although this has not been systematically investigated, we speculate that it is related to cultural differences between the two groups.
[...] a combination of computational biologists and text mining specialists will be optimum.
Text mining specialists continue to excel at building system components and designing datasets for evaluation; computational biologists currently appear to be much better at producing useful task definitions. Perhaps the most fruitful approaches are characterized by combined efforts that leverage the abilities of each type of scientist.

Vi consiglio l’articolo da cui partono, o almeno leggere il post su openHelix; tra le altre cose fa il punto sulle risorse web disponibili al momento per “navigare la letteratura”. Devo ammettere che il grafico che disegna il tasso di crescita del numero di abstract è spaventevole, più ancora della crescita del numero di database catalogati nelle tabelle dell’ultimo NAR.

Related Posts

  1. Linkedin e il futuro della bioinformatica
  2. The DNA Network (un occhio di sbieco sul mondo della science-blog-sphere)
  3. Bioinformatica for fun! Suonare il DNA!
  4. Piccolo momento di autocoscienza bioinformatica (per non sforzare i neuroni)
  5. Spettrometria di massa Natalizia (lista dei desideri dei big boss della proteomica)
  • vincenzo - 6 febbraio 2008 # 1

    ciao a tutti .
    innanzitutto mi presento sono Vincenzo Messina un chimico e tecnologo farnaceutico con un pò di passione per l’informatica che cerca di applicare alla farmacologia e alla biologia.
    complimentri innanzitutto al moderatore che per quello che scrive pare sia una persona molto competente e sicuramente seria.
    io penso francamente che la bioinformatica sia il futuro della scienza della tecnologia e dellfarmacologia, perchè l’applicazione dei softwRE POTRANNO FAR RISPARMIARE INNUMEREVOLI SOLDINI per la ricerca ottimizzando le rese per la ricercA applicATta in laboraqtorio.

  • [...] chi mi si accusa ingiustamente di essere una persona molto competente e sicuramente seria, oggi, in attesa di postarvi qualcosa di dirompente e innovativo, volevo farvi partecipi [...]

 

RSS feed per i commenti di questo post | TrackBack URI