Bioinformatica e Web 2.0

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5 marzo 2008 - 15:46

Bio-Linux Live DVD

Letto l’articolo su Programmazione.it su Bio-Linux, una distribuzione per bioinformatici, e presa l’occasione di dover rasare il Dell di mio padre, ho sostituito un dolce Ubuntu che stava andando ininterrottamente senza problemi da 132 giorni con BioLinux, ovvero una distribuzione base Debian per Bioinformatici.
Per saperne di più vi rimando all’articolo di Francesco Corsentino sopra citato. Le mie prime impressioni dopo un uso non molto intensivo?

Innanzi tutto guardiamo la lista dei packages che vengono messi a disposizione: oltre sessanta. Certo, un compendio completo, ma forse un po’ troppo articolato, io avrei messo molta roba che fa parte del pacchetto di default tra gli additional, per rendere il sistema meno pesante (l’ISO è di quasi 2 G).
Noto inoltre con gratitudine che la communità Post Genomics and Proteomics (PGP) ha contribuito alla realizzazione della distro, e grazie ad essa abbiamo un sistema che non è esclusivamente genome oriented, anche se qualcosa che io reputo essential per l’analisi proteomica manca :-(

Questo test mi ha fatto render conto che alla fine per sviluppare un progetto bioinformatico, che sia piccolo o grande, uso un numero ristretto di applicativi, tra quelli messi a disposizione, per invece andare a sviluppare/customizzare quanto serve volta per volta. E naturalmente l’uso intensivo della rete! Che non si limita alla consultazione di documentazione ufficiale, quanto alla ricerca di problem solving experiences. L’idea di avere un SO solido e autosufficiente da poter essere usato anche quando non si ha a disposizione un accesso alle risorse on line, è quindi, IMHO, poco produttiva.

Rimane il grande vantaggio di potersi portar dietro la propria live version, con cui emulare senza necessità di installazione un ambiente dotato di un alto numero di applicativi bioinformatici.

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  1. Nuova uscita per Bio::Blogs #18
  • nico - 5 marzo 2008 # 1

    “Rimane il grande vantaggio di potersi portar dietro la propria live version, con cui emulare senza necessità di installazione un ambiente dotato di un alto numero di applicativi bioinformatici.”

    In che senso una *propria* live version? Intendi personalizzata?

  • fuliggians - 6 marzo 2008 # 2

    no, intendevo la comodità di avere ognuno una copia del live cd sempre a portata di mano, sebbene non credo sia follemente difficile creare un “proprio” live cd

    http://www.linux.com/feature/44293
    http://m0lt3n.wordpress.com/2007/07/27/gentoouna-livecd-personalizzata/

  • domi84 - 6 marzo 2008 # 3

    L’istallazione è risultata difficile?? ad esempio, rispetto ad una Ubuntu?

  • nico - 6 marzo 2008 # 4

    Grazie dei links, molto interessanti!

  • Kiko - 20 marzo 2008 # 5

    Spero proprio vi sia piaciuto l’articolo. A dire la verità, l’ho scritto breve, forse troppo breve, ma era giusto per scrivere una introduzione ad un argomento che secondo me crescerà moltissimo negli anni a venire! Credo proprio che le materie biochimiche e informatica si sposeranno molto in futuro, su progetti che li accomunano, giocoforza! Se volete (spero di sì) scrivetemi tutte le vostre impressioni qui (http://www.kikoweb.org/blog/71/article-bio-linux-una-distribuzione-per-bioinformatici) così poi ne faccio un pacchetto e magari scrivo una recensione migliore, sicuramente più ricca di particolari! Ciao ragazzi!

 

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