Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

10 novembre 2007 - 12:02

Sono solo dati, stupido! (i limiti di OpenSocial)


Torno brevemente sulla questione della necessità che i dati siano condivisi e condivisibili, sopratutto in ambienti scientifici. Nell’articolo su Genome Commons facevo notare come ci sia ben da sperare se nascono iniziative spinte dalla filosofia della condivisione e divulgazione della conoscenza (anche iper-specialistica).

Ebbene, c’è anche chi non va proprio in questa direzione (o almeno devvia un pochetto), e si tratta di qualcuno che non ci saremmo aspettato.Tim O’Reilly (sì, il Tim famoso) in un suo post fa le pulci al progetto di Google: OpenSocial. Per quanti ancora non abbiano letto di questo progetto vi rimando qui e qui .
In un incontro, circa la possibilità di costruire con le API anche applicazioni che ri-mescolino dati da più piattaforme sociali, si dichiara:

No, you only have access to the data of the individual platform or application.

E Tim fa notare che “we want applications that can use data from multiple social networks”.

Bhe, questo è un bel limite. In ogni settore del tecno-mondo ormai c’è la necessità di confrontarsi non solo con la condivisione dei raw data, ma anche con il fatto che dalla loro re-interpretazione, connessione, interazione, è possibile ottenere un maggior livello di comprensione. La bioinformatica è piena di tali esempi.

Speriamo che in Google vi portino rimedio!

Tags: bioinformatica, condivisione dei dati, OpenSocial
9 novembre 2007 - 11:09

Progetto bioSapiens (corsi e dintorni)

There is talk of the project BioSapiens , another of those huge agglomerations of European institutions around a project too big to be conducted by a single institution. These scientific joint ventures will also be in fashion (because they circulate a good amount of funding), but they also fulfill a fundamental task, which is often underestimated: the integration of work platforms . In fact, these projects must forcibly integrate the bioniform tools into their startup phase, as explained in the article:

In Europe, industry luminaries gathered in the Network of Excellence called BioSapiens, funded under the thematic area ‘Life sciences, genomics and biotechnology for health’ under the Sixth Framework Program. So far, one of the project’s main achievements has been the development of new bioinformatics tools and their integration into existing biological data management systems.
Biosapiens also has a wide spectrum of collateral activities. The article says that the project will last one more year and during this period the researchers plan to refine their tools for the next phase of the ENCODE project, which involves the annotation of the remaining 99% of the human genome. In addition it also provides a training component . This aspect intrigued me a lot, and pushed me to go to deepen the official website . Personally I always try to keep myself informed about the training proposals in the bioinformatics field, and, being able,

Our goal is to empower therapists with the knowledge, wisdom and hop over to this website needed to create their strategies for successfully serving their clients.

But I advise all those bioinformatics who would like to make a beautiful foreign training experience (so all, right?) to look in the training section . There are some very interesting information about the ESB: The European School In Bioinformatics and above all c ‘is the ISCB Listing of Degree / Certificate Programs Worldwide , a mini search engine containing information about all the bioinformatics courses that are carried out in the European institutes .
A very convenient way to avoid having to browse the sites of universities and institutions.

Tags: bioinformatica, Cordis, formazione
6 novembre 2007 - 15:03

Genome Commons (Farsi il genoma da soli)

Ricordo quando anni fa incontrai per la prima volta la parola “Commons” insieme a “proteomica”. Proteomecommons fu un sito di grande interesse. Lo si sarebbe dovuto mettere su un piedistallo solo per 2 aspetti: distribuivano l’archivio dei dati e dei tool via torrent, e avevano realizzato la geniale trovata della fetta di torta che viene mangiata mentre si naviga nel sito.

Purtroppo è ormai un progettino messo da parte. :-( In compenso, ecco nascere un progetto che al momento pare limitato ma che nvece è molto ambizioso: genomecommons. Tutto parte da un articolo pubblicato su Nature, che risulta stimolante e futuribile.
Come dice il suo esimio autore Steve Brenner

The Genome Commons and Genome Commons Navigators are open resources I propose to assist with personal genome interpretation.

Il progetto è stato ispirato dai progressi della genotipizzazione e sequenziamento, e la possibilità abbastanza comune ormai per le persone fisiche di ottenere il proprio genoma sequenziato. Alcuni di questi pensieri sono enunciati nel post iniziale del blog del progetto.

Tutto il materiale è sotto licenza Creative Commons, che è un’ottima decisione. In questo caso Commons significa una distribuzione pubblica della conoscenza della variabilità genetica umana e i suoi effetti; conoscenza sostenuta da database, laboratori diagnostici, e letteratura scientifica.
Consiglio d’andare a darci un’occhiata. Anche solo per rendersi conto come il web e la filosofia del Commons sta aprendo panorami nuovi e stimolanti.

Tags: bioinformatica, creative commons, genoma
12 luglio 2007 - 17:23

Dove e’ il podcast (audio) bioinformatico?

Il nuovo fantasma nella macchina di internet è ormai un file avi. Sì, è un’immagine video sfuocata, amatoriale, che mostra i contorni sbiaditi di una cantina ipertecnologica. La mitologia di ogni studio televisivo pirata: il video che entra ovunque, con un click su you tube, magari per 20 secondi, azzanna un concetto e si spegne (forse dimenticato).
Ma prima che la mecca divenisse un video blog, c’è stato il breve regno dei podcast audio. Con i podcast si erano perse le 3 dimensioni spaziali, per trasmettere puro concetto, e prendere possesso della dimensione temporale. Una voce spettrale che dal profondo network ci faceva sentire meno soli di fronte al monitor. Internet acquisiva una voce.
E’ durato poco, il proliferare dei podcast. Ma forse è meglio così.
Ora la fuffa si riversa in video e i podcast audio può finalmente diventare lo strumento utile che dovrebbe essere. Un comodo, sintetico, strumento di informazione senza fronzoli. Podcast tecnologici, educativi, scientifici trovano spesso la loro perfetta collocazione integrati con portali, e altre iniziative. E’ esemplare il nuovo portale della wiley attento alle novità di proteomica GoProteomics, che è fornito di podcast il cui scopo dichiarato e’:

Our podcast show features top articles published in PROTEOMICS, including interviews with Authors and Editors.

Personalmente trovo irrinunciabili gli archivi mp3 delle lezioni informatiche dell’oilproject, le puntate radiofoniche di Attivissimo, e alcune puntate del podcast di Nature.

Ma per la bioinformatica? Qualcosa in inglese; ma praticamente nulla in italiano. Eppure penso ci sarebbero tante cose da raccontare, che potrebbero uscire dai confini del semplice blog. Interviste con insegnanti, raccolta di lezioni, novità da approfondire con gli esperti, i nuovi tools, le tendenze.

Comunque non tutto è perduto. Volevo proporvi un intervento che fa parte della trasmissione Sedna, sul server di Ulisse (nella rete della scienza). E’ un interessante intervento di qualche tempo fa, che si lascia ascoltare piacevolmente e racconta la bioinformatica ai non addetti in modo chiaro. Secondo me potrebbe essere preso ad esempio per far partire un piccolo progetto podcast italiano di bioinformatica (PIB project?? :-) ) Qualcuno se la sente?

Tags: bioinformatica, formazione, video