Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

30 gennaio 2008 - 17:37

La proprietà transitiva della Bioinformatica

La bioinformatica ha speso negli anni molti sforzi intorno il pattern detection, per ovvii motivi. Il pattern matching è infatti una delle grandi anime della bioinformatica; è usato, dove più dove meno, ovunque, negli allineamenti multipli, nel homology modeling, per classificazioni e per predizioni, in proteomica come in genomica.
Non è una notizia nuova che IBM stia applicando con successo alcune tecniche usate in bioinformatica per la ricerca di pattern nel DNA nel campo dell’identificazione dello spam (l’algoritmo Teiresias sviluppato da Chung-Kwei). Daltronde lo stesso George Harik, uno dei primi dieci ingegneri di Google, e che collabora a sistemi “intelligenti” come Adsense e Gmail anti-spam, ha un background che coinvolge algoritmi genetici.

Tutto questo per dimostrare come grandi vantaggi possono venirne dal sapere far tesoro dell’interazione di settori scientifici anche distanti (apparentemente). Naturalmente sarebbe auspicabile una relatione tra bioinformatica e altre scienze che non sia intransitiva.
Un interessante articolo su openHelix circa le difficoltà di navigare, attraverso metodi intelligenti, nel mare magnum
della letteratura scientifica
, mette l’accento (anche) su questo aspetto:

we pointed out that all or most of the demonstrably useful biomedical text mining systemshave been built not by text mining specialists, but by computational biologists. Why might this be? Although this has not been systematically investigated, we speculate that it is related to cultural differences between the two groups.
[...] a combination of computational biologists and text mining specialists will be optimum.
Text mining specialists continue to excel at building system components and designing datasets for evaluation; computational biologists currently appear to be much better at producing useful task definitions. Perhaps the most fruitful approaches are characterized by combined efforts that leverage the abilities of each type of scientist.

Vi consiglio l’articolo da cui partono, o almeno leggere il post su openHelix; tra le altre cose fa il punto sulle risorse web disponibili al momento per “navigare la letteratura”. Devo ammettere che il grafico che disegna il tasso di crescita del numero di abstract è spaventevole, più ancora della crescita del numero di database catalogati nelle tabelle dell’ultimo NAR.

Tags: bioinformatica, Data-mining, Letteratura scientifica, Scienza
17 gennaio 2008 - 11:55

PCR song (La ricerca va a braccetto con la musica)

Ormai esiste una certa tradizione per cui su YouTube non si trovano solo bellissimi video che raccontano le meravigliose minuzie del mondo biologico, ma pare che i ricercatori abbiano anche uno spiccato senso del ritmo (oppure potrebbe essere che hanno un sacco di tempo libero tra uno split di cellule e l’altro :-) ).

Certo è che una mente creativa ama esprimersi in mille modi diversi, e anche quando la scienza assume un aspetto goliardico i risultati sono spesso incredibili! Mi è capitato sotto gli occhi questo piccola chicca.
Have fun!

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Tags: Musica, Scienza, video, Youtube
2 gennaio 2008 - 13:46

Wired Science: Comunicare la scienza (for dummies)

Eccoci al primo post del nuovo anno!
Anche qui in Inside Bioinfo ci si è dedicati alla giusta pennica per qualche giorno. Ma ora rieccoci più forti e carichi di prima!
Per il nuovo anno un buon proposito che mi piacerebbe venisse adottato da quanta più gente di scienza possibile è la volontà di comunicare la scienza il più semplicemente possibile. Questo è quanto io stesso mi proporrò, collaborando e scrivendo post che si distinguano in due categorie: 1) più tecnici – sempre più particolareggiati 2) più immediati, più intesi a divertire e a comunicare un semplice concetto: la bellezza della scienza!

Perchè è fondamentale che molti di noi si profondano in questo sforzo? Fondamentalmente per motivi egoistici. Per far scienza bene occorrono fondi. Tanti. Occorre quindi che sovvenzioni (che siano statali o meno), donazioni e quant’altro crescano il più possibile. Per far ciò occorre che tutti, anche le persone più comuni recepiscano la ricerca scientifica non come un concetto astratto, ma come un aspetto cruciale per la crescita e la qualità della vita di ogni giorno per ognuno.
Da parte dello scienziato c’è sempre stata un po’ di presunzione nel presupporre che tutti comprendano il fortissimo ruolo che ha la scienza sulla società. E’ sbagliato credere che quanto diverga dalla scienza più pura non debba essere preso seriamente. Questo approccio tende solo ad inasprire le barriere.

La comunicazione con il mondo, come liberi pensatori, deve focalizzarsi su una scienza più accessibile. La nostra capacità di comunicare deve avvenire su molti livelli, come ci insegna spesso Veronesi. Una scienza che sia altamente educativa dovrebbe essere uno dei grandi obiettivi di ognuno.
Questo compromette la qualità della ricerca? Assolutamente no! Occorre solo abbandonare l’arroganza dipica dello scienziato che crede che, per il fatto di avere le evidenze sperimentali dalla propria parte, ognuno debba sottoscrivere il suo punto di vista.
Per questo buon proposito partiamo avantaggiati. Già nel 2007 si sono visti ottimi esempi di SHOW scientifici. Uno per tutti è il programma WiredScience, che produce una trasmissione scientifica d’ottimo livello, ma anche semplice e divertente! Consiglio a tutti di passare un po’ di tempo sulle loro frequenze!

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Buon anno a tutti!

Tags: Comunicare, Scienza, Società, WiredScience
4 dicembre 2007 - 19:08

Quanto si guadagna a fare scienza?

Interessante ed esaustiva, la ricerca della commissione di monitoraggio europea dà un interessante spaccato delle disparità di trattamento economico nei vari paesi europei. Ce ne sarebbe da fare di analisi interessanti, ma dando una veloce lettura il commento che mi vien di fare è per lo più: “c’è poco da stare allegri…”

Dateci un’occhiata e ditemi cosa ne pensate!

(grazie ad Gabriele Bucci per aver portato all’attenzione questo documento).

Update: per completare l’escursione nel valore economico della scienza, vi rimando anche al post di Mattions .

Tags: Confronti, Documenti, Guadagni, Scienza