Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

25 marzo 2009 - 10:57

Database Vettori

Dove cercate le mappe dei vostri vettori? Su Google? Su Pubmed?

Io mi sono trovato molto bene con questo Database di Vettori gestito da AddGene.

Fornisce molte informazioni sui plasmidi: sequenza, mappa, enzimi di restizione, proteine trascritte e tradotte, Il Bitcoin si divide a metà e nasce il Bitcoin Cash. Si possono depositare (gratuitamente) i plasmidi che sono stati utilizzati (ad esempio) in un lavoro, e questi possono essere acquistati da altri ricercatori.

Addgene è un organizzazione no profit, ovviamente i guadagni vengono usati per mantenere il servizio. Insomma…è una sorta di banca/database di vettori per aiutare i Ricercatori….

For other related information, if you need plastic surgeon, checkout Dr. Matthew Galumbeck.
Link: MyBioinformatica

Tags: bioinformatica, Database
24 marzo 2009 - 19:59

Disegnare velocemente Primer con CLC…

A seconda del tipo di PCR che si deve fare (Real Time Pcr o no, da genomico o da plasmide) si devono costruire primer più o meno “accurati”. Se si deve fare una Pcr da genomico ad esempio bisogna stare attenti che i primer non vadano anche ad annilare in altri punti del genoma, oltre a quello di interesse…

Nel mio caso faccio molte PCR da plasmidi. In questo caso le coppie di basi non sono molte, quindi è altamente improbabile che primer lunghi 15-20 nucleotidi vadano ad annilare in più punti.

In questo caso disegnare dei primer è molto semplice…Ma troppe volte vedo persone che disegnano su carta i primer, sia forward che reverse (perdendo tempo e rischiando di fare errori).

La cosa è molto più semplice con CLC Sequence Viewer:

  • (Ovviamente) Importare la sequenza del gene su cui fare la PCR in CLC Sequence Viewer
  • Selezionare lo spaziamento ogni 3 nucleotidi scegliendo il frame appropiato (Potete anche salvare questa opzione in modo da non selezionarla ogni volta).

schermata-clc-sequence-viewer-save-setting1

  • Selezionare i 15-20 nucleotidi che formeranno il primer FW (tenendo conto del frame e che devono terminare con una C o G), poi tasto dx -> Open Selection in new view
  • Tasto dx sul primer appena creato -> Select Sequence, di nuovo tasto dx -> Edit. In questo modo potete modificare la sequenza, aggiungere codoni di start, enzimi di restrizione.
  • Tornando sulla sequenza del gene selezionate il segmento che andrà a formare il primer Reverse. In questo caso non c’è bisogno di tenere conto del frame. Fate in modo che cominci con una G o una C (l’inizio che selezionate diventerà il 3?, quindi rappresenta la fine del primer). Al solito, fate tasto dx -> Open Selection in new view. Poi modificate il primer a vostro piacere aggiungendo codone di STOP o siti di restrizione.
  • A questo punto nella toolbox “Reverse Complemente Sequence” e avrete il vostro primer Reverse pronto.

schermata-clc-sequence-viewer-toolbox

I primer possono essere copiati-incollati sul sito dove ordinate i primer (evitate errori di battitura), possono essere stampati o salvati in una cartella. Vi ricordo che se si deve fare una Pcr da genomico bisogna stare attenti che i primer non vadano anche ad annilare in altri punti del genoma, quindi questo metodo non va bene (in questo caso c’è il sistema descritto da Nico).

Spero però sia utile a qualcuno!!

Alla prossima…

Link: MyBioinformatica

Tags: bioinformatica, how-to
16 dicembre 2008 - 20:04

Editor di sequenze: CLC Sequence Viewer

Un editor di sequenze è un programma in grado di manipolare con facilità sequenze nucleotidiche e proteiche. Il primo dei programmi che ho intenzione di presentarvi è CLC Sequence Viewer che è arrivato alla versione 5.1.1

Il programma è creato dalla CLC bio, che permette il download e l’utilizzo gratis, indubbiamente presenta una grafica molto curata, ed una facilità d’uso impressionante, adatto anche a chi non sa bene usare il computer.
Questo programma presenta tante limitazioni rispetto agli altri programmi (a pagamento) della CLC bio.
Le operazioni possibili sono (e le limitazioni relative sono):

  • effettuare ricerche direttamente su NCBI, anche se a causa delle limitazioni non è possibile effettuare ricerche su altri database, bisogna comprare le altre versioni.
  • creare allineamenti multipli e relativi alberi, con vari algoritmi: Clustal, T-coffe, ecc…
  • varie operazioni con i nucleotidi: convertire Dna <-> Rna, vedere filamento complementare di una sequenza, tradurla in proteina, Cercare ORF, ecc…
  • Cercare enzimi di restrizione presenti in una sequenza ed elencarli in una lista.

Quando si effettua una ricerca su NCBI, o si importa una sequenza, CLC Sequence Viewer è in grado di leggere le annotazioni e visualizzarle graficamente, indicando ad esempio promotori, la sequenza codificante in un cDna, domini e così via…Una grossa limitazione che ho trovato è non poter modificare le annotazioni riguardanti le sequenze. Quindi non è possibile selezionare una serie di nucleotidi/amminoacidi e aggiungere un’annotazione ad esse (ad es. questo è un promotore, qui c’è un sito di fosforilazione, ecc). Questa forte limitazione (e il fatto che secondo me i programmi dovrebbero essere liberi) mi ha spinto a cercare un altro editor di testo.

Qui è presente l’elenco completo delle limitazioni, paragonate ai relativi software a pagamento.

Il programma è disponibile per Windows, Mac, Linux (sia file .rpm che .sh), ed è molto semplice da installare.

9 dicembre 2008 - 09:00

Scaricare articoli da casa

Capita di stare a casa, e di dover scaricare un articolo da PubMed…spessissimo però c’è bisogno di un abbonamento alla rivista per poter scaricare il giornale. Le università hanno questi abbonamenti, per cui l’articolo può essere scaricato da un computer dell’università…ma non da casa.

Molte università danno la possibilità di scaricare gli articoli da casa utilizzando un programma proxy. Senza entrare in inutili termini informatici…il proxy è un programma che (nel nostro caso) fa sembrare il pc di casa un pc dell’università.

Vediamo un po’ come fare:

Per prima cosa dovete controllare se la vostra università vi permette di accedere via proxy (altrimenti inutile continuare), per controllare cercate sul sito della vostra università, o chiedete a San Google :D . L’università che frequento io (Federico II di Napoli) ha introdotto questa possibilità nel 2004. Dovreste trovare anche le informazioni per usare il proxy, cioè l’indirizzo e la porta del proxy, l’username e la password (di solito si richiede la registrazione ad un servizio/mail della facoltà). Ora, se non l’avete ancora fatto, scaricate Firefox, che è un programma per navigare su internet…simile a Internet Explorer…ma molto meglio :D . Firefox permette di essere personalizzato grazie a tanti piccoli programmi aggiuntivi, chiamati “componenti aggiuntivi”, “estensioni” o “add-on”. Nel nostro caso è molto utile un’estensione chiamata FoxyProxy, che permette velocemente di impostare, attivare e disattivare il Proxy. Installatela.

Al primo avvio vi verrà chiesto se volete usare un proxy Tor. A noi non interessa, quindi cliccate no.

Ora andate in Strumenti -> FoxyProxy -> Generali. Cliccate su nuovo proxy, inserite un nome e una eventuale nota. Andate sulla scheda dettagli dei proxy

schermata-foxyproxy-impostazioni-dei-proxy

Inserite come nome del server l’indirizzo del proxy della vostra università (nel mio caso proxy.unina.it), il numero della porta (nel mio caso 3128) e date ok. Ora, andando di nuovo su Strumenti -> FoxyProxy potrete scegliere il Proxy della vostra università. A questo punto potete inserire username e password (nel caso della mia università, compreso di @studenti.unina.it). Ora potete andare su PubMed e scaricare tutti gli articoli che volete (ammesso che la vostra università abbia i rispettivi abbonamenti).

Se volete potete aggiungere nei commenti un link alla pagina con le istruzioni del proxy della vostra università in modo da avere tutte le informazioni raccolte in un unico sito.

Un’ultima cosa: usare un programma Proxy rallenta di molto la velocità di navigazione sul web, per cui usate il proxy solo quando serve.

Alla prossima…

Tags: bioinformatica, how-to
18 settembre 2008 - 09:00

Proven Ways to Grow Your Small Business

 Getting your business off the ground is challenging. Continuing to grow your business once it’s established is just as difficult.

And while generating new business and growing your customer base is necessary to succeed, it doesn’t happen overnight. It takes effective planning, strategy, and the willingness to get creative.

If your sales have recently hit a plateau, check out these 10 proven methods to continue growing your business.

1. Know your customers

Knowing who your customers are and what they need is vital. You went through the process of identifying a target market when developing your business plan. But now you have an active customer base that you need to engage with and in the process improve your business.

Whether it’s through a quarterly survey, user reviews, or direct customer service communications, you need to be asking for honest feedback. Take note of consistent grievances amongst your customer-base and use those to launch new features, make internal adjustments, or any number of fixes.

And while direct feedback from your customer base is invaluable, you need to also be paying attention to the market and your competitors. Conducting a market analysis on a regular basis ensures that you’re aware of any competitive moves and how different economic events may affect your customers. Combined with the insightful feedback from your customers, it provides a full picture of potential avenues for growth.

2. Focus on customer service

As you look to grow your business, quality customer service for your current customers can fall by the wayside. Sure customer churn is part of doing business, but you don’t want it to be a direct result of your attempts to grow. And you don’t want to compound people leaving by providing a poor experience.

At the same time, focusing on quality customer service can be a direct avenue for growth. If your current customers are treated exceptionally, they’ll be more likely to leave positive reviews, recommend you to their friends, and of course purchase from your business again.

3. Extend value from current customers

It’s common when looking for growth opportunities to immediately try and attract new customers, but what about your current ones? You’ve built credibility with them meaning they’re more likely to purchase from you again or even pay more for additional services and new products.

Explore opportunities to extend the value of your customers. Add a new product line that compliments previous purchases. Test increasing service prices in exchange for additional features, hands-on direction, or other additions that your customers find valuable.

Just because you’ve possibly hit the limit of growing your established target market, doesn’t mean that you can’t pull more value from it. And who knows, any changes you make to increase the value for current customers may be a springboard for bringing on new ones.

4. Leverage social media

Diving into social media can be daunting. But here’s the thing, you don’t have to have experience with it to leverage social platforms. It can be as simple as opening a business profile and beginning to grow a community of customers.

You don’t need to post every day or even create incredible looking images and videos, but do establish a consistent schedule your followers and customers can expect. From there it’s up to you to actively engage with your followers, read comments, answer messages, and generally build your social brand.

Overall it’s a great way to identify trends and insights about your customers. If you want, you can even use the insights you gain and try running social ads. It’s easier than you think and is an inexpensive way to test promotions, gauge the interest of a new customer base, or even run a full-fledged digital campaign.

5. Grow your team

Growing your customer base and growing your sales typically means growing your team. And just as you need to focus on providing exceptional customer service, you need to focus on the quality of the people that join your team.

Focus on finding diverse voices that can not only fulfill the duties of the role but that can provide unique perspectives that challenges your own. It’s harmful to have a staff full of “yes men” and can potentially lead to poor internal culture and self-serving decisions. Having a vast range of employees that differ in experience, background, beliefs, and specialties bring new perspectives to the table that would be nonexistent without them. Learn more about the meaning of siloed and follow the best tips in order to deal with it.

Additionally, as you look to bring on new employees, you’ll also want to focus on your current staff’s professional development. Show that you value them and their contribution to your business. Give them more opportunities to lead and collaborate, involve them in the goal-setting process, and even foot the bill for them to attend seminars and trainings.

The way you treat your employees will be reflected in the way you treat your customers. Start by optimizing internally and your business will grow from there.

6. Showcase your expertise

If you want to continue building clout amongst your customers and other businesses, you need to showcase your expertise. This means providing resources, hosting webinars, conducting research studies, and even running Q&A’s through your social channels. Find opportunities to share what you know, and present it as a free opportunity to learn and grow.

Just be sure to gather contact information or provide a link to a specific promotional page when you host an event or give access to a download. You’re not just showcasing expertise but using it to grow an audience that will hopefully one day turn into customers. Follow-up and keep providing valuable insight and you’ll be able to turn it into consistent growth.

Tags: bioinformatica, Database
17 settembre 2008 - 19:13

Nuovo autore in InsideBioinfo…

Ciao a tutti,

da oggi InsideBioinfo ha un nuovo autore…me :D

Sono Domenico, sto frequentando la Specialistica in Biotecnologie Mediche, e ho una passione per l’informatica e (ovviamente) per la Biologia…inutile dire quindi della mia passione per la BioInformatica, alla quale però mi sono avvicinato relativamente da poco. Devo dire che sono un po’ emozionato a scrivere su un blog di questa portata…

Gli argomenti di cui scriverò sono cose scontante per ogni bioinformatico…ma possono essere utili a tutti quelli che lavorano in un laboratorio, e vogliono risparmiare un po’ di lavoro al banco.

Bè…cominciamo… :D

Tags: Bibliografia, bioinformatica