Un editor di sequenze è un programma in grado di manipolare con facilità sequenze nucleotidiche e proteiche. Il primo dei programmi che ho intenzione di presentarvi è CLC Sequence Viewer che è arrivato alla versione 5.1.1
Il programma è creato dalla CLC bio, che permette il download e l’utilizzo gratis, indubbiamente presenta una grafica molto curata, ed una facilità d’uso impressionante, adatto anche a chi non sa bene usare il computer.
Questo programma presenta tante limitazioni rispetto agli altri programmi (a pagamento) della CLC bio.
Le operazioni possibili sono (e le limitazioni relative sono):
- effettuare ricerche direttamente su NCBI, anche se a causa delle limitazioni non è possibile effettuare ricerche su altri database, bisogna comprare le altre versioni.
- creare allineamenti multipli e relativi alberi, con vari algoritmi: Clustal, T-coffe, ecc…
- varie operazioni con i nucleotidi: convertire Dna <-> Rna, vedere filamento complementare di una sequenza, tradurla in proteina, Cercare ORF, ecc…
- Cercare enzimi di restrizione presenti in una sequenza ed elencarli in una lista.
Quando si effettua una ricerca su NCBI, o si importa una sequenza, CLC Sequence Viewer è in grado di leggere le annotazioni e visualizzarle graficamente, indicando ad esempio promotori, la sequenza codificante in un cDna, domini e così via…Una grossa limitazione che ho trovato è non poter modificare le annotazioni riguardanti le sequenze. Quindi non è possibile selezionare una serie di nucleotidi/amminoacidi e aggiungere un’annotazione ad esse (ad es. questo è un promotore, qui c’è un sito di fosforilazione, ecc). Questa forte limitazione (e il fatto che secondo me i programmi dovrebbero essere liberi) mi ha spinto a cercare un altro editor di testo.
Qui è presente l’elenco completo delle limitazioni, paragonate ai relativi software a pagamento.
Il programma è disponibile per Windows, Mac, Linux (sia file .rpm che .sh), ed è molto semplice da installare.
Ciao Domi84,
Ho provato ad usare CLC e tra le limitazioni che tu hai citato c’e’ anche quella di non fare una ricerca per trovare una stringa all interno di una sequenza,oppure non ti aiuta a disegnare primers…cioe’ ,cioe’ quello che fa e’ molto molto limitato secondo me,nonostante graficamente sia molto bello…hai mai provato ad usare DNAdynamo?
Grazie per la segnalazione. Ora me lo studio un po’…