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23 novembre 2008 - 18:11

BioPython 1.50 e GenomeDiagram

La versione 1.49 di BioPython é stata rilasciata ufficialmente alcuni giorni fa, ed é piena di cambiamenti interessanti: uno di questi é l’introduzione del modulo doctest per la documentazione di alcune classi, cosa che avevo proposto io qualche tempo fa :) .

Comunque, credo che siano in arrivo novità ancora migliori nella 1.50. Una delle mie favorite é l’inclusione di un modulo chiamato GenomeDiagrams, che finalmente permetterà di generare diagrammi di sequenze e genomi direttamente da biopython.

Ecco un esempio di immagine generata con questa libreria:

Circular diagram of Erwinia carotovora ssp. atroseptica comparison against 229 bacterial genomes, constructed using GenomeDiagram

Credo che a biopython avesse veramente bisogno di integrazione con una libreria grafica come questa, visto che altri progetti Bio::* lo possiedono già.

Per esempio, é veramente semplice disegnare un diagramma di sequenze con bioperl:

A plot of sequence features with bioperl
A plot of sequence features with bioperl

Immagino che un diagramma equivalente, generato con il nuovo modulo di biopython, apparirà così:

A linear genome diagram created with the new biopython module
A linear genome diagram created with the new GenomeDiagram module

Devo ancora studiare a fondo il modulo, e non sono sicuro di quanto sia flessibile e facile da utilizzare. In ogni caso, siamo solo alla prima release :) .

Il modulo GenomeDiagram é stato scritto da Leighton Pritchard, e descritto in questo articolo:

Dovrebbe essere veramente ringraziato per questo contributo. Qui potete trovare la home page del module, e qui la proposta sul bug tracker di biopython.

Tags: bioinformatica, biopython, diagrammi, librerie grafiche, programmazione, python