La versione 1.49 di BioPython é stata rilasciata ufficialmente alcuni giorni fa, ed é piena di cambiamenti interessanti: uno di questi é l’introduzione del modulo doctest per la documentazione di alcune classi, cosa che avevo proposto io qualche tempo fa .
Comunque, credo che siano in arrivo novità ancora migliori nella 1.50. Una delle mie favorite é l’inclusione di un modulo chiamato GenomeDiagrams, che finalmente permetterà di generare diagrammi di sequenze e genomi direttamente da biopython.
Ecco un esempio di immagine generata con questa libreria:
Circular diagram of Erwinia carotovora ssp. atroseptica comparison against 229 bacterial genomes, constructed using GenomeDiagram
Credo che a biopython avesse veramente bisogno di integrazione con una libreria grafica come questa, visto che altri progetti Bio::* lo possiedono già.
Immagino che un diagramma equivalente, generato con il nuovo modulo di biopython, apparirà così:
A linear genome diagram created with the new GenomeDiagram module
Devo ancora studiare a fondo il modulo, e non sono sicuro di quanto sia flessibile e facile da utilizzare. In ogni caso, siamo solo alla prima release In related post, checkout best rated pheromones.
Il modulo GenomeDiagram é stato scritto da Leighton Pritchard, e descritto in questo articolo:
Dovrebbe essere veramente ringraziato per questo contributo. Qui potete trovare la home page del module, e qui la proposta sul bug tracker di biopython.
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Good nutrition is a critical part of health and development. According to the World Health Organization (WHO), better nutrition is related to improved health at all ages, a lower risk of diseases, and longevity.
People can find it difficult or confusing to navigate the amount of nutrition information now available, and many sources have differing views.
This article offers science-based nutrition tips to help someone lead a healthier lifestyle. These are the best supplements to boost immunity.
Nutrition tips for diet
Following these nutrition tips will help a person make healthy food choices.
1. Include protein with every meal
Including some protein with every meal can help balance blood sugar.
Some studiesTrusted Source suggest higher protein diets can be beneficial for type 2 diabetes.
Other researchTrusted Source indicates balancing blood sugar can support weight management and cardiovascular health.
2. Eat oily fish
According to researchTrusted Source, omega-3 fatty acids in oily fish are essential for cell signaling, gene expression, and brain and eye development.
Some studiesTrusted Source indicate that omega-3 fatty acids can reduce the risk of cardiovascular disease.
Other researchTrusted Source suggests the anti-inflammatory properties of omega-3 may effectively manage the early stages of degenerative diseases such as Alzheimer’s disease and Parkinson’s disease.
3. Eat whole grains
The American Heart Association (AHA)Trusted Source recommend people eat whole grains rather than refined grains.
Whole grains contain nutrients such as B vitamins, iron, and fiber. These nutrients are essential for body functions that include carrying oxygen in the blood, regulating the immune system, and balancing blood sugar.
4. Eat a rainbow
The saying ‘eat a rainbow’ helps remind people to eat different colored fruits and vegetables.
Varying the color of plant foods means that someone gets a wide variety of antioxidants beneficialTrusted Source to health, for example, carotenoids and anthocyanins.
5. Eat your greens
Dark green leafy vegetables are a great source of nutrition, according to the Department of Agriculture (USDA).
Leafy greens are rich in vitamins, minerals, and antioxidants.
The USDA suggest that folate in leafy greens may help protect against cancer, while vitamin K helps prevent osteoporosis.
6. Include healthful fats
People should limit their intake of saturated fats while avoiding trans fats, according to the USDA.
A person can replace these fats with unsaturated fats, which they can find in foods such as avocado, oily fish, and vegetable oils.
7. Use extra virgin olive oil
As part of the Mediterranean diet, extra virgin olive oil has benefits to the heart, blood pressure, and weight, according to a 2018 health reportTrusted Source.
A person can include extra virgin olive oil in their diet by adding it to salads or vegetables or cooking food at low temperatures.
8. Eat nuts
According to the AHATrusted Source, eating one serving of nuts daily in place of red or processed meat, french fries, or dessert may benefit health and prevent long-term weight gain.
The AHA suggest that Brazil nuts, in particular, may help someone feel fuller and stabilize their blood sugar.
Diamo il benvenuto ad un altro progetto che si propone di creare un luogo di incontro e di discussione per i bioinformatici e biologi italiani: openbiosource.org
Si tratta di un progetto decisamente innovativo e interessante, che mette a disposizione un forum e diversi link utili a chiunque abbia bisogno di discutere di problematiche relative all’uso dei computer per fare ricerca scientifica.
Il tutto condito da un perfetto spirito opensource: ovvero quello di condividere le proprie conoscenze e le proprie risorse, in modo da poter crescere e imparare più velocemente.
mancanza di comunicazione (incapacita’ di organizzarsi in un gruppo, di dialogare con gli altri colleghi, di presentare delle buone documentazioni, di studiare il lavoro degli altri, di comunicare via Internet – pensate a quanto pochi sono i bioinfi che partecipano a ML o a forum o a blogs scientifici).
ignoranza su molte questioni importanti legate alla programmazione: molti bioinformatici per esempio ignorano cosa sia lo Unit Testing, ovvero non testano i loro script prima di utilizzarli.
incapacita’ di riutilizzare il codice e le idee di altri colleghi: per esempio, pochi usano BioPython o BioPerl, preferendo scrivere tutto da soli; questo e’ quanto di peggio si possa fare se si vuole programmare bene.
incapacita’ di sedersi correttamente davanti al computer: in tutti i laboratori di bioinfo che ho visto, non ho mai trovato nessuno che si sedesse con la postura corretta davanti al monitor, spesso gli schermi erano troppo in basso, addirittura chi lavorava 8 ore al giorno davanti ad un portatile.
E qui mi fermo, va’.
Cmq, io credo che molti di questi difetti siano dovuti ad una mancanza di istruzione: le specialistiche in bioinfo e tutti i corsi associati non coprono per forza di cose tutti gli aspetti che dovrebbero seguire, e molti laboratori sono disorganizzati, con i responsabili che non si tengono aggiornati e spesso provengono da campi che sono solo collaterali alla bioinformatica.
Ovvero, un luogo in cui un ricercatore possa iscriversi e creare un proprio profilo, descrivere i propri interessi e il proprio curriculum, poter interagire con altri ricercatori impegnati nello stesso campo, e poter scambiare commenti e opinioni sui propri esperimenti.
Se non sapete come partecipare o non avete tempo/conoscenze per contribuire, ci sono molti modi in cui potete dare una mano senza faticare troppo:
potreste suggerire un logo migliore (..);
dire la vostra sull’usabilità del loro sito (io non ho capito subito di cosa si trattasse, quando l’ho visto per la prima volta);
parlarne in giro, con amici e parenti nella vita reale;
spargere la voce via Internet, su blog e forum;
oppure se avete delle conoscenze su come organizzare un progetto opensource o un wiki per lo sviluppo collaborativo, potreste dare una mano a rendere il loro sito più usabile.
Un saluto a tutti i navigatori che per un motivo o l’altro passano su queste pagine,
vi trovate davanti ad uno dei primi blog bioinformatici in italiano!!
Innanzitutto ci presentiamo: siamo Giovanni, Fuliggians e Riccardo, e apparteniamo a quella classe di biologi un po’ matti e pazzoidi che passano tempo a studiare materie complicate come programmazione e statistica, e informatica, per cercare di capire in che modo si può usare il computer per fare ricerca: insomma, siamo dei bioinformatici.
E’ per questo che stiamo aprendo questo blog: per avere un punto dove discutere, commentare, proporre, tutte le idee che vengono in mente a noi e al resto della comunità scientifica per affrontare una tale impresa.
Rimanete in ascolto quindi se questo vi interessa!
Un saluto dai vostri spacciatori di bioinformatica preferiti.
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