Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

10 luglio 2007 - 16:21

Biomail è morto (o quasi), lunga vita a Biomail

Cosa è Biomail? BioMail è un programma sviluppato in Perl che semplifica e automatizza la ricerca della letteratura scientifica. BioMail in sostanza effettua ricerche su PubMed, la piu’ grande banca dati pubblicamente disponibile per riviste biomediche, attraverso l’uso di parole chiave definibili dall’utente. I risultati vengono poi inviati tramite posta elettronica con una cadenza settimanale, bisettimanale o mensile, a seconda delle impostazioni selezionate.

Questo servizio, che mi ha accompagnato negli ultimi 2 anni, nel tentativo di tenermi aggiornato sullo stato dell’arte della proteomica, ci abbandona. Alla fine del 2007 verrà chiuso il servizio in quanto tutte le sue funzionalità sono ormai state integrate in Pubmed stesso!

E’ infatti ormai possibile crearsi un proprio account personale su NCBI, chiamato My NCBI (viva la fantasia!).

My NCBI permette di personalizzare i servizi web di NCBI. Con esso potrete salvare le vostre ricerche, visualizzare link a risorse web esterne, selezionare filtri in grado di raggruppare i risultati delle ricerche e settare (proprio come in Biomail) l’invio di email di allerta per nuovi contenuti. Il sistema è naturalmente stato ottimizzato rispetto quanto era permesso fare con Biomail. Essendo un tool interno, esso è in grado di sfruttare a pieno le potenzialità della ricerca e filtraggio avanzata che Pubmed mette a disposizione.

Questo però mi lascia una piccola dose di nostalgia per un progetto che va esaurendosi, ma che essendo molto ben fatto, mi ha aiutato spesso.

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  • dawe - 10 luglio 2007 # 1

    E’ un giorno triste. Molto triste.

  • Riccardo Fallini - 10 luglio 2007 # 2

    E’ positivo come cmq PubMed abbia saputo cogliere il suggerimento di applicativi esterni per integrarli.
    Non sempre è così.. se nella bioinformatica c’è un discreto uso di formati che permette la gestione anche con programmi esterni (mi viene in mente il formato FASTA, lo stesso Pdb ed il derivato SDLib), non sempre c’è un’apertura verso i tools creati dagli utenti di un servizio.

  • Giovanni (gdm) - 10 luglio 2007 # 3

    Per tenere traccia di nuovi articoli preferisco usare i feeds.

    Si possono creare direttamente da pubmed (il motore di ricerca) eseguendo una ricerca e cliccando su ‘Send to -> RSS Feeds’.

    Oppure, si possono usare le alternative come hubmed, oppure google/scholar.

  • fuliggians - 11 luglio 2007 # 4

    si, i feed sono comodi, ho fatto qualche prova anche io, però per monitorare un certo numero di (gruppi di) parole chiave ti ritrovi a dover scorrere tanti feed, mentre se gli aggiornamenti ti arrivano via mail, puoi settare la cosa in modo che ti arrivi una sola mail settimanale. Personalmente penso che i feed siano perfetti per un aggiornamento veloce e ripetuto, ma per la letteratura scientifica, non mi interessa leggere l’articolo 2 ore dopo che è stato messo online.

  • nico - 24 luglio 2007 # 5

    Avendo usato MyNCBI per un anno oramai devo dire che è davvero comodo anche perchè ti aiuta a non adagiarsi troppo e continuare a leggere nuovi articoli che magari (per pigrizia :P ) non saresti andato a guardare!

 

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