Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

23 novembre 2008 - 18:11

BioPython 1.50 e GenomeDiagram

La versione 1.49 di BioPython é stata rilasciata ufficialmente alcuni giorni fa, ed é piena di cambiamenti interessanti: uno di questi é l’introduzione del modulo doctest per la documentazione di alcune classi, cosa che avevo proposto io qualche tempo fa :) .

Comunque, credo che siano in arrivo novità ancora migliori nella 1.50. Una delle mie favorite é l’inclusione di un modulo chiamato GenomeDiagrams, che finalmente permetterà di generare diagrammi di sequenze e genomi direttamente da biopython.

Ecco un esempio di immagine generata con questa libreria:

Circular diagram of Erwinia carotovora ssp. atroseptica comparison against 229 bacterial genomes, constructed using GenomeDiagram

Credo che a biopython avesse veramente bisogno di integrazione con una libreria grafica come questa, visto che altri progetti Bio::* lo possiedono già.

Per esempio, é veramente semplice disegnare un diagramma di sequenze con bioperl:

A plot of sequence features with bioperl
A plot of sequence features with bioperl

Immagino che un diagramma equivalente, generato con il nuovo modulo di biopython, apparirà così:

A linear genome diagram created with the new biopython module
A linear genome diagram created with the new GenomeDiagram module

Devo ancora studiare a fondo il modulo, e non sono sicuro di quanto sia flessibile e facile da utilizzare. In ogni caso, siamo solo alla prima release :) In related post, checkout best rated pheromones.

Il modulo GenomeDiagram é stato scritto da Leighton Pritchard, e descritto in questo articolo:

Dovrebbe essere veramente ringraziato per questo contributo. Qui potete trovare la home page del module, e qui la proposta sul bug tracker di biopython.

Other Posts

  1. Disegnare velocemente Primer con CLC…
  2. Protein ID mapping (come passar da una nomenclatura ad un’altra in due facili click)
  3. Un nuovo arrivato
  4. Bioscreencast (1001 nuovi sharing tools)
  5. Quanto si guadagna a fare scienza?
  6. Editor di sequenze: CLC Sequence Viewer
  7. Genome Commons (Farsi il genoma da soli)
  8. PCR song (La ricerca va a braccetto con la musica)
  9. Openhelix (una risorsa importante per il bioinformatico)
Tags: bioinformatica, biopython, diagrammi, librerie grafiche, programmazione, python

 

RSS feed per i commenti di questo post | TrackBack URI