Conoscete questo simbolo:

?

beh é piuttosto bruttino, però é il logo di the synaptic leap, una comunità di ricercatori che impegnano il loro tempo libero per sviluppare dati e possibili farmaci contro la malaria e altre malattie poco considerate dalle case farmaceutiche perché diffuse in aree del terzo mondo.

Per saperne di più potreste visitare il sito ufficiale di tropicaldisease.org dal quale é partita l’idea di questo tipo di ricerca, e poi studiarvi synapticleap che in pratica é il wiki in cui avvengono le discussioni e vengono coordinati i progetti.

Il modo migliore per contribuire a synaptic leap é partire da questa pagina di introduzione e dopodiché consultare le pagine iniziale per ognuna della comunità attive (malaria, schistostomiasi, tubercolosi, toxoplasmosi): notate che il materiale che c’è, tra feeds e spiegazioni, é di ottima qualità.

Qui un post interessante da leggere per capire cosa si può fare.

Se non sapete come partecipare o non avete tempo/conoscenze per contribuire, ci sono molti modi in cui potete dare una mano senza faticare troppo:

• potreste suggerire un logo migliore (..);
• dire la vostra sull’usabilità del loro sito (io non ho capito subito di cosa si trattasse, quando l’ho visto per la prima volta);
• parlarne in giro, con amici e parenti nella vita reale;
• spargere la voce via Internet, su blog e forum;
• oppure se avete delle conoscenze su come organizzare un progetto opensource o un wiki per lo sviluppo collaborativo, potreste dare una mano a rendere il loro sito più usabile.

Non vorrei far passare l’idea che la bioinformatica sia una elucubrazione autoreferenziale di qualche informatico col chiodo fisso di dimostrare di avere anche basi biologiche. Insomma, la bioinformatica non è tutta microarray e algoritmi genetici. Alle volte è anche creatività e divertimento!

Ne volete un esempio?

Tucano aveva già scritto qualche tempo fa, un piccolo capolavoro in perl che legava divertimento e bioinformatica. Aveva creato uno script (in formato elicoidale) chiamato DNA is life, che permetteva di trasformare una qualunque parola (il tuo nome per esempio) in DNA!

Adesso ci propone un altro piccolo tool spassoso che permette di “suonare” il DNA! (per la serie: tutti vorremmo fare gli artisti…)

Si chiama Playgene ! On line c’è la versione 0.4.

Secondo l’autore l’interfaccia fa un po’ schifo ed è ancora piu o meno allo stato di embrione, io comunque consiglio di farci un giro!

Ciao Ciao

All’interno delle varie aree del sito del bioindustry park Canavese, è possibile leggere un documento molto interessante del 2006, che traccia un quadro complessivo e molto ben fatto dello stato della bioinformatica. Si intitola: la sfida della bioinformatica: l’integrazione della complessità.

Consiglio l’ottima relazione di Alberto Baldi e Fabrizio Conicella sia a coloro che di bioinformatica non sanno molto, sia a quanti invece già ne masticano e magari ne hanno fatto la loro attività quotidiana. I primi, perchè la relazione traccia una sorta di mini storiografia della nostra scienza preferita, delineandone chiaramente l’importanza e le sfide. I secondi invece potranno fare il punto della situazione, avere un documento che cerca anche di tracciare qualche interessante scenario futuribile (quello che gli autori indicano come “problemi attuali e soluzioni in divenire”), che potrà essere verificato da qui a pochi anni.

Il documento non vuole essere una esaustiva indagine di ogni settore in cui la bioinformatica dà il suo contributo (cosa che per altro non credo sia fattibile, visto come si ampliano velocemente i settori interessati); non è un paper in cui vengono collezionati liste infinite di link a tools e database online.

Può però essere una base da cui prendere spunto. L’approccio che viene seguito è molto ben strutturato, è un ottimo esempio, a mio modesto parere, di come si possa fare comunicazione scientifica precisa, puntuale, ma non boriosa.

Più di una volta mi è stato chiesto di scrivere parte di progetti di grosse dimensioni, cordate di compagnie e fondazioni che debbono partecipare a progetti sponsorizzati da fondi europei. Avere allora un documento tale da cui fare copia/incolla mi sarebbe stato molto utile.

Lo sappiamo, ne siamo convinti:

la multiforme varietà della vita passa attraverso i temi della genetica, dei metodi di contraccezione, della terapia per i malati terminali, gli alimenti OGM, le politiche del ministero per l’innovazione, le nuove tecnologie di peer2peer, le tendenze delle comunità virtuali.

La scienza è divenuta in breve una combinazione di sfide, di etica e di estrema curiosità intellettuale. In questo senso la bioinformatica sta dimostrando sempre di più la propria importanza. La bioinformatica sta permettendo l’integrazione e l’esplorazione di una quantità di dati impensabili in passato.

Al contempo, in molti settori della comunità scientifica, la bioinformatica è ancora non adeguatamente considerata; al più è vista da molti dinosauri ultraspecializzati (leggi: ricercatori vecchio stampo) come un tool molto complicato che qualcunaltro mette a disposizione. La bioinformatica è molto più di questo! Io la interpreto come una vera e propria scienza connettiva, un occhio puntato sul tecnomondo biologico.

Coltivare la comunicazione bioinformatica e le sue potenzialità, ma descrivendola per l’avventura quale è! Bloggamento rilassato, per esprimere la prima vera base azotata del mondo bioinformatico: the constant battle for brainpower!

Spero che tutti qui trovino qualche stimolo e si divertano, almeno quanto noi ci divertiamo scrivendo!

Benvenuti in Inside Bioinfo!

Un saluto a tutti i navigatori che per un motivo o l’altro passano su queste pagine,
vi trovate davanti ad uno dei primi blog bioinformatici in italiano!!

Innanzitutto ci presentiamo: siamo Giovanni, Fuliggians e Riccardo, e apparteniamo a quella classe di biologi un po’ matti e pazzoidi che passano tempo a studiare materie complicate come programmazione e statistica, e informatica, per cercare di capire in che modo si può usare il computer per fare ricerca: insomma, siamo dei bioinformatici.

Qua fuori nella Internet del 2007, é possibile trovare una quantità immensa di dati di interesse scientifico: sequenze, strutture di proteine, annotazioni, articoli, mappe di interazione, protocolli, discussioni, dati di bassa qualità da controllare, osservazioni che attendono solo di essere scoperte.

Io adoro la bioinfo perché credo che solo imparando a muoversi in questo enorme mare di informazioni, di database, annotazioni e motori di ricerca, sia possibile arrivare ad intravedere o perlomeno a farsi una idea di tutto ciò che l’uomo ha scoperto sulla biologia e su come funziona il mondo che lo circonda fino ad oggi.

E’ per questo che stiamo aprendo questo blog: per avere un punto dove discutere, commentare, proporre, tutte le idee che vengono in mente a noi e al resto della comunità scientifica per affrontare una tale impresa.

Rimanete in ascolto quindi se questo vi interessa!

Un saluto dai vostri spacciatori di bioinformatica preferiti.