Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

12 novembre 2007 - 18:20

Bioscreencast (1001 nuovi sharing tools)

Il successo di YouTube ha veramente rivoluzionato il web e la sua anima collaborativa. Oramai tutti i giorni si scoprono nuovi progetti che integrano web 2.0 con lo streaming e dintorni. Ci sono radio via web e portali per condividere slide e presentazioni, ci sono gruppi su social networks, ci sono sistemi televisivi personalizzabili, e mille altri.
In questo marasma, i bioinformatici ci si sono spesso buttati a pesce, navigando a vista tra queste nuove possibilità, disperdendosi ed evolvendo come qualunque altra razza primate.

Di tutte queste nuove proposte, l’intenzione sarebbe di introdurre qui sul blog quanti più nuovi servizi mi sia possibile, dando giusto un’idea di cosa si tratti, e poi, con più calma (e magari un po’ di collaborazione), creare dei mini-tutorial per l’area didattica che ne completino la documentazione.

Oggi volevo parlarvi di un appassionante servizio per bioinformatici pigri: Bioscreeencast ! Molti lo conosceranno di già, ma a me piace e quindi eccovelo!

Cosa è? Wikipedia ci dice che uno screencast è una registrazione digitale di quanto succede sul desktop del nostro computer, magari dotata di una narrazione audio.
A cosa può servire? Per evitare ad un bioinformatico pieno di impegni di spulciarsi 1000 pagine di documentazione per sapere come si usa una specifica funzione di genome browser, per esempio.
L’idea è creare una comunità per condividere video che spieghino, all’atto pratico, l’uso di un tool di interesse scientifico.

L’interfaccia è veramente intuitiva, e c’è un bel blog per approfondire. Forza biocosi, diamoci da fare!

Tags: bioinformatica, bioscreencast, condivisione dei dati, video
10 novembre 2007 - 12:02

Sono solo dati, stupido! (i limiti di OpenSocial)


Torno brevemente sulla questione della necessità che i dati siano condivisi e condivisibili, sopratutto in ambienti scientifici. Nell’articolo su Genome Commons facevo notare come ci sia ben da sperare se nascono iniziative spinte dalla filosofia della condivisione e divulgazione della conoscenza (anche iper-specialistica).

Ebbene, c’è anche chi non va proprio in questa direzione (o almeno devvia un pochetto), e si tratta di qualcuno che non ci saremmo aspettato.Tim O’Reilly (sì, il Tim famoso) in un suo post fa le pulci al progetto di Google: OpenSocial. Per quanti ancora non abbiano letto di questo progetto vi rimando qui e qui .
In un incontro, circa la possibilità di costruire con le API anche applicazioni che ri-mescolino dati da più piattaforme sociali, si dichiara:

No, you only have access to the data of the individual platform or application.

E Tim fa notare che “we want applications that can use data from multiple social networks”.

Bhe, questo è un bel limite. In ogni settore del tecno-mondo ormai c’è la necessità di confrontarsi non solo con la condivisione dei raw data, ma anche con il fatto che dalla loro re-interpretazione, connessione, interazione, è possibile ottenere un maggior livello di comprensione. La bioinformatica è piena di tali esempi.

Speriamo che in Google vi portino rimedio!

Tags: bioinformatica, condivisione dei dati, OpenSocial