Bioinformatica e Web 2.0

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Database Vettori

» di 25 marzo 2009 - 10:57 » Comments (1)

Dove cercate le mappe dei vostri vettori? Su Google? Su Pubmed? Io mi sono trovato molto bene con questo Database di Vettori gestito da AddGene. Fornisce molte informazioni sui plasmidi: sequenza, mappa, enzimi di restizione, proteine trascritte e tradotte. Si possono depositare (gratuitamente) i plasmidi che sono stati utilizzati (ad esempio) in un lavoro, e […]



Disegnare velocemente Primer con CLC…

» di 24 marzo 2009 - 19:59 » Comments (0)

A seconda del tipo di PCR che si deve fare (Real Time Pcr o no, da genomico o da plasmide) si devono costruire primer più o meno “accurati”. Se si deve fare una Pcr da genomico ad esempio bisogna stare attenti che i primer non vadano anche ad annilare in altri punti del genoma, oltre […]



Scaricare articoli da casa

» di 9 dicembre 2008 - 09:00 » Comments (5)

Capita di stare a casa, e di dover scaricare un articolo da PubMed…spessissimo però c’è bisogno di un abbonamento alla rivista per poter scaricare il giornale. Le università hanno questi abbonamenti, per cui l’articolo può essere scaricato da un computer dell’università…ma non da casa. Molte università danno la possibilità di scaricare gli articoli da casa […]



BioPython 1.50 e GenomeDiagram

» di 23 novembre 2008 - 18:11 » Comments (2)

La versione 1.49 di BioPython é stata rilasciata ufficialmente alcuni giorni fa, ed é piena di cambiamenti interessanti: uno di questi é l’introduzione del modulo doctest per la documentazione di alcune classi, cosa che avevo proposto io qualche tempo fa . Comunque, credo che siano in arrivo novità ancora migliori nella 1.50. Una delle mie […]



Banche Dati

» di 18 settembre 2008 - 09:00 » Comments (0)

Esistono 2 grandi laboratori internazionali di bioinformatica l’EMBL-EBI (Europeo) e l’NCBI (Americano). Questi due centri hanno dato vita a vari progetti e banche dati (database). Dalloliogm mi segnala (grazie!) anche Genome.jp, un altro laboratorio internazionale di bioinformatica (Giapponese), che fornisce database interessanti. Le banche dati sono dei grandi archivi riguardanti un determinato argomento, ovviamente nel […]



Bio-Linux Live DVD

» di 5 marzo 2008 - 15:46 » Comments (5)

Letto l’articolo su Programmazione.it su Bio-Linux, una distribuzione per bioinformatici, e presa l’occasione di dover rasare il Dell di mio padre, ho sostituito un dolce Ubuntu che stava andando ininterrottamente senza problemi da 132 giorni con BioLinux, ovvero una distribuzione base Debian per Bioinformatici. Per saperne di più vi rimando all’articolo di Francesco Corsentino sopra […]



Nuova uscita per Bio::Blogs #18

» di 21 febbraio 2008 - 10:58 » Comments (6)

Su Bioinformaticszen con Febbraio è arrivato il numero 18 di Bio::Blogs! Questo numero, dichiaratamente, punta l’attenzione sull’evoluzione naturale dell’Open Source Science, almeno dal mio punto di vista, ovvero l’Open Notebook Science: la condivisione del lavoro dei ricercatori mentre viene svolto. E’ sempre più in uso condividere su blog e wiki veri e propri “quaderni di […]



Gioco di ruolo per bioinformatici

» di 9 febbraio 2008 - 13:06 » Comments (4)

Su bioinformaticszen é apparso un posto molto spiritoso che equipara la scelta della propria carriera come bioinformatico alla creazione di un personaggio in un gioco di ruolo. Che tipo di personaggio/giocatore siete? Ecco il link originale all’articolo: http://www.bioinformaticszen.com/2008/01/world-of-bioinformatics-quest/ Per fare qualche esempio, provo a tradurre i principali ‘archetipi’ di bioinformatico che vi potete creare: Virtuoso […]