BMC Bioinformatics e’ sempre stata la mia lettura (bioinformatica) preferita. Free access, più vario negli argomenti trattati rispetto a Bioinformatics , ha pure un buon impact factor, il che non guasta.

Volevo portar alla vostra attenzione un articolo molto interessante che è stato pubblicato nel Dicembre scorso, sull’uso degli Userscripts in campo scientifico (DOI:10.1186/1471-2105-8-487 ). Come ben espresso già nell’abstract, la necessità di usare aggregatori è ormai cosa che più di tutti, il bioinformatico comprende. Si contano migliaia di risorse di biochimica ormai disponibili in rete, tra blog, database, pubblicazioni scientifiche, wiki e quant’altro. Risulta sempre più difficoltoso quindi linkare tutto in un modo centralizzato, anche utilizzando linguaggi come Resource Description Framework e Web Ontology Language.
Uno sviluppo interessante e’ l’uso di user script atti a modificare configurazione e contenuto delle pagine web. Questo permette di aggregare informazione o risultati di computazioni da diverse fonti web in un’unica pagina di risultati. Per capirsi, un tipico esempio può essere la comparazione dei prezzi di negozi online.

L’articolo descrive come script di tipo Greasemonkey possono essere usati per combinare informazioni derivanti da diverse fonti biologiche. Consiglio per quanti non siano avvezzi a questi argomenti di leggere almeno l’articolo relativo di wikipedia (e’ pure in italiano! ). Per poi guardare come questa tecnica può facilmente essere usata, sfruttando API e URL, per collezionare informazioni attraverso solo con poche righe di codice.

A dimostrazione del fatto che se una risorsa e’ resa disponibile usando gli identificatori adeguati, Schema Standard e quant’altro, essa acquisisce un valore aggiunto notevole.

Eccoci al primo post del nuovo anno!
Anche qui in Inside Bioinfo ci si è dedicati alla giusta pennica per qualche giorno. Ma ora rieccoci più forti e carichi di prima!
Per il nuovo anno un buon proposito che mi piacerebbe venisse adottato da quanta più gente di scienza possibile è la volontà di comunicare la scienza il più semplicemente possibile. Questo è quanto io stesso mi proporrò, collaborando e scrivendo post che si distinguano in due categorie: 1) più tecnici – sempre più particolareggiati 2) più immediati, più intesi a divertire e a comunicare un semplice concetto: la bellezza della scienza!

Perchè è fondamentale che molti di noi si profondano in questo sforzo? Fondamentalmente per motivi egoistici. Per far scienza bene occorrono fondi. Tanti. Occorre quindi che sovvenzioni (che siano statali o meno), donazioni e quant’altro crescano il più possibile. Per far ciò occorre che tutti, anche le persone più comuni recepiscano la ricerca scientifica non come un concetto astratto, ma come un aspetto cruciale per la crescita e la qualità della vita di ogni giorno per ognuno.
Da parte dello scienziato c’è sempre stata un po’ di presunzione nel presupporre che tutti comprendano il fortissimo ruolo che ha la scienza sulla società. E’ sbagliato credere che quanto diverga dalla scienza più pura non debba essere preso seriamente. Questo approccio tende solo ad inasprire le barriere.

La comunicazione con il mondo, come liberi pensatori, deve focalizzarsi su una scienza più accessibile. La nostra capacità di comunicare deve avvenire su molti livelli, come ci insegna spesso Veronesi. Una scienza che sia altamente educativa dovrebbe essere uno dei grandi obiettivi di ognuno.
Questo compromette la qualità della ricerca? Assolutamente no! Occorre solo abbandonare l’arroganza dipica dello scienziato che crede che, per il fatto di avere le evidenze sperimentali dalla propria parte, ognuno debba sottoscrivere il suo punto di vista.
Per questo buon proposito partiamo avantaggiati. Già nel 2007 si sono visti ottimi esempi di SHOW scientifici. Uno per tutti è il programma WiredScience, che produce una trasmissione scientifica d’ottimo livello, ma anche semplice e divertente! Consiglio a tutti di passare un po’ di tempo sulle loro frequenze!

Buon anno a tutti!

Pare proprio che qualche redattore di Nature Method abbia anche un lato goliardico! Ad accesso gratuito è apparso -nel nuovo numero- un articolo tra il serio e il faceto sulle potenzialità della spettrometria di massa applicata alla proteomica: Mass spectrometry: playing catch up.

A parte la presenza delle opinioni dei maggiori protagonisti del settore, questo articolo natalizio è arricchito da una “lista dei desideri” nella quale ognuno di questi moderni signorotti della proteomica esprimono un desiderio riguardante la tecnologia prossima ventura.

Eccovene un’estratto, i desideri di due grandi competitors:

“I would like to see another 2–3 orders of magnitude increase in the sensitivity and scan speed.”
John Yates, The Scripps Research Institute

“If and when the vendors get the software right, which directs the instrument, then the same instrument will be able to do much more. So I am hoping and waiting for that to happen.”
Matthias Mann, Max Planck Institute of Biochemistry in Martinsried
© 2007 Nature Publishing Group

Un approccio completamente diverso: il primo è esclusivamente Hardware-Oriented, il secondo è più un approccio “uso la testa, visto che la tecnologia è già avanzatissima”. In Effetti, migliorare ulteriormente sensibilità/risoluzione/velocità degli spettrometri faciliterebbe la vita, permetterebbe, per esempio, la riduzione dei falsi positivi durante l’identificazione delle proteine; questo non toglie che certi limiti rimarrebbero invariati (bug compresi) se lo sviluppo dell’hardware non va di pari passo con l’evoluzione del software!

Ora ditemi, dove si respira una sana aria bioinformatica??

Una nuova spettacolare piattaforma è ora disponibile per ogni bioinformatico pigro (categoria sempre piu’ corposa)
Galaxy è un nuovo servizio che fa faville per comodità, portabilità e utilizzo.
Fate attenzione Galaxy da’ dipendenza. Non è semplicemente un altro tool, è invece un nuovo approccio vero e proprio all’analisi dei dati genomici.
Di cosa si tratta?
Come esplicitamente dichiarato nel wiki, Galaxy è una piattaforma disegnata per due comunità che raramente comunicano tra loro:
i biologi sperimentali “I really have no time to program but I want to do whole-genome analyses to find targets for experimental validation“, e i biologi computazionali “I develop algorithms but have no time to develop interfaces”.

L’idea di fondo è quella di sfruttare la sostanziale standardizzazione dei dati genomici che vengono prodotti negli angoli più
riposti del mondo e messi a disposizione in tabelle dell UCBS browser. Spesso le analisi genomiche, massive o finalizzate che siano, si possono condensare nell’applicazione di operazioni di filtraggio, conversione, data mining manipulation o analisi statistiche (più o meno adeguate). Naturalmente, le medesime operazioni su dati diversi generano risultati diversamente significativi, e necessitano successivamente una forte componente interpretativa.

Perchè allora non condividere tutti gli aspetti computazionali su un’unica piattaforma?

Ecco che allora Galaxy mette a disposizione un’interfaccia comodissima, per implementare l’upload dei propri dati, navigarci dentro, esaminarli, e quant’altro.

Ma questo non è tutto. Il sistema è costruito per permettere anche la customizzazione dei tools! Immaginate di aver realizzato uno spettacolare script in Perl in grado di fare l’analisi statistica piu’ raffinata al mondo.

>perl toolExample.pl $input $option1 $option2 $output

In pochi semplici passi potete inserirlo nella vostra directory personale “/myTools”, creando un file xml di configurazione
che vada ad indicare a Galaxy i dettagli di esecuzione:

<tool id=”chip-chip_analysis" name=”PeakPicker">
<description>Finding Peaks in a GFF Nimblegen File</description>
<command interpreter="perl">toolExample.pl $input $option1 $option2 $output</command>
<inputs>
<param format=”gff" name="input" type="data" label="Source file"/>
<param name=”option1" type=”integer” label=”Option 1" />
<param name=”option2" type="data_column" data_ref="input" numerical="True" label=”Option 2" />
</inputs>
<outputs>
<data format=”bed" name="output" />
</outputs>
</tool>

E a quel punto avrete a vostra disposizione nella colonna dei tools il vostro Script, integrato perfettamente all’interfaccia.
Magia!

Update: Ecco, grazie al bioamico Matteo Cesaroni una bella presentazione di Galaxy via slideshare, da cui avevo tratto ispirazione per il post. Lo trovate su Bioinfusion, grazie alle mille potenzialità di wordpress!

Un problema notevole in un mondo dove la blogsfera è infinitamente in crescita, infinitamente veloce, è selezionare cosa leggere, e sapere dove trovare quanto di interessante c’è in un determinato settore. I semplici aggregatori feed possono aiutare, ma spesso sono dispersivi.
La mia pagina personale del google desktop, per esempio, ormai si dispone in 4 tag divisi per argomento, e ognuno di esso è stracolmo di feed a blog che desidererei seguire assiduamente.

Ormai sono tantissimi anche i blog di bioinformatica, e di scienza in genere, e seguirli tutti diventa troppo time-consuming.

Una delle soluzioni che ho adottato è stata quella di utilizzare un servizio ancora in beta che mette a disposizione feedburner, ovvero i FB Network. Network di blog. Nel mio caso seguo con piacere THE DNA NETWORK!

I blogger vengono invitati ad iscrivere il proprio blog ad un “gruppo tematico”, dopo di che i titoli e gli starter dei diversi post vengono proposti in una unica pagina online aggiornata in real time. E’ un’alternativa all’uso dei tag in technorati o tag bioinformatici di wordpress. Scorrendo questa pagina si riesce a selezionare velocemente articoli e notizie flash che ci possono essere sfuggite.
Naturalmente, non c’è tutto lo scibile d’interesse, però capita spesso che l’attenzione cada su un articolo o un tool che altrimenti non avremmo mai preso in considerazione, e il tempo speso è veramente poco.

Have Fun!

Il successo di YouTube ha veramente rivoluzionato il web e la sua anima collaborativa. Oramai tutti i giorni si scoprono nuovi progetti che integrano web 2.0 con lo streaming e dintorni. Ci sono radio via web e portali per condividere slide e presentazioni, ci sono gruppi su social networks, ci sono sistemi televisivi personalizzabili, e mille altri.
In questo marasma, i bioinformatici ci si sono spesso buttati a pesce, navigando a vista tra queste nuove possibilità, disperdendosi ed evolvendo come qualunque altra razza primate.

Di tutte queste nuove proposte, l’intenzione sarebbe di introdurre qui sul blog quanti più nuovi servizi mi sia possibile, dando giusto un’idea di cosa si tratti, e poi, con più calma (e magari un po’ di collaborazione), creare dei mini-tutorial per l’area didattica che ne completino la documentazione.

Oggi volevo parlarvi di un appassionante servizio per bioinformatici pigri: Bioscreeencast ! Molti lo conosceranno di già, ma a me piace e quindi eccovelo!

Cosa è? Wikipedia ci dice che uno screencast è una registrazione digitale di quanto succede sul desktop del nostro computer, magari dotata di una narrazione audio.
A cosa può servire? Per evitare ad un bioinformatico pieno di impegni di spulciarsi 1000 pagine di documentazione per sapere come si usa una specifica funzione di genome browser, per esempio.
L’idea è creare una comunità per condividere video che spieghino, all’atto pratico, l’uso di un tool di interesse scientifico.

L’interfaccia è veramente intuitiva, e c’è un bel blog per approfondire. Forza biocosi, diamoci da fare!

Torno brevemente sulla questione della necessità che i dati siano condivisi e condivisibili, sopratutto in ambienti scientifici. Nell’articolo su Genome Commons facevo notare come ci sia ben da sperare se nascono iniziative spinte dalla filosofia della condivisione e divulgazione della conoscenza (anche iper-specialistica).

Ebbene, c’è anche chi non va proprio in questa direzione (o almeno devvia un pochetto), e si tratta di qualcuno che non ci saremmo aspettato.Tim O’Reilly (sì, il Tim famoso) in un suo post fa le pulci al progetto di Google: OpenSocial. Per quanti ancora non abbiano letto di questo progetto vi rimando qui e qui .
In un incontro, circa la possibilità di costruire con le API anche applicazioni che ri-mescolino dati da più piattaforme sociali, si dichiara:

No, you only have access to the data of the individual platform or application.

E Tim fa notare che “we want applications that can use data from multiple social networks”.

Bhe, questo è un bel limite. In ogni settore del tecno-mondo ormai c’è la necessità di confrontarsi non solo con la condivisione dei raw data, ma anche con il fatto che dalla loro re-interpretazione, connessione, interazione, è possibile ottenere un maggior livello di comprensione. La bioinformatica è piena di tali esempi.

Speriamo che in Google vi portino rimedio!