Bioinformatica e Web 2.0

Inside Bioinfo

25 marzo 2009 - 10:57

Database Vettori

Dove cercate le mappe dei vostri vettori? Su Google? Su Pubmed?

Io mi sono trovato molto bene con questo Database di Vettori gestito da AddGene.

Fornisce molte informazioni sui plasmidi: sequenza, mappa, enzimi di restizione, proteine trascritte e tradotte, Il Bitcoin si divide a metà e nasce il Bitcoin Cash. Si possono depositare (gratuitamente) i plasmidi che sono stati utilizzati (ad esempio) in un lavoro, e questi possono essere acquistati da altri ricercatori.

Addgene è un organizzazione no profit, ovviamente i guadagni vengono usati per mantenere il servizio. Insomma…è una sorta di banca/database di vettori per aiutare i Ricercatori….

For other related information, if you need plastic surgeon, checkout Dr. Matthew Galumbeck.
Link: MyBioinformatica

Tags: bioinformatica, Database
24 marzo 2009 - 19:59

Disegnare velocemente Primer con CLC…

A seconda del tipo di PCR che si deve fare (Real Time Pcr o no, da genomico o da plasmide) si devono costruire primer più o meno “accurati”. Se si deve fare una Pcr da genomico ad esempio bisogna stare attenti che i primer non vadano anche ad annilare in altri punti del genoma, oltre a quello di interesse…

Nel mio caso faccio molte PCR da plasmidi. In questo caso le coppie di basi non sono molte, quindi è altamente improbabile che primer lunghi 15-20 nucleotidi vadano ad annilare in più punti.

In questo caso disegnare dei primer è molto semplice…Ma troppe volte vedo persone che disegnano su carta i primer, sia forward che reverse (perdendo tempo e rischiando di fare errori).

La cosa è molto più semplice con CLC Sequence Viewer:

  • (Ovviamente) Importare la sequenza del gene su cui fare la PCR in CLC Sequence Viewer
  • Selezionare lo spaziamento ogni 3 nucleotidi scegliendo il frame appropiato (Potete anche salvare questa opzione in modo da non selezionarla ogni volta).

schermata-clc-sequence-viewer-save-setting1

  • Selezionare i 15-20 nucleotidi che formeranno il primer FW (tenendo conto del frame e che devono terminare con una C o G), poi tasto dx -> Open Selection in new view
  • Tasto dx sul primer appena creato -> Select Sequence, di nuovo tasto dx -> Edit. In questo modo potete modificare la sequenza, aggiungere codoni di start, enzimi di restrizione.
  • Tornando sulla sequenza del gene selezionate il segmento che andrà a formare il primer Reverse. In questo caso non c’è bisogno di tenere conto del frame. Fate in modo che cominci con una G o una C (l’inizio che selezionate diventerà il 3?, quindi rappresenta la fine del primer). Al solito, fate tasto dx -> Open Selection in new view. Poi modificate il primer a vostro piacere aggiungendo codone di STOP o siti di restrizione.
  • A questo punto nella toolbox “Reverse Complemente Sequence” e avrete il vostro primer Reverse pronto.

schermata-clc-sequence-viewer-toolbox

I primer possono essere copiati-incollati sul sito dove ordinate i primer (evitate errori di battitura), possono essere stampati o salvati in una cartella. Vi ricordo che se si deve fare una Pcr da genomico bisogna stare attenti che i primer non vadano anche ad annilare in altri punti del genoma, quindi questo metodo non va bene (in questo caso c’è il sistema descritto da Nico).

Spero però sia utile a qualcuno!!

Alla prossima…

Link: MyBioinformatica

Tags: bioinformatica, how-to
9 dicembre 2008 - 09:00

Scaricare articoli da casa

Capita di stare a casa, e di dover scaricare un articolo da PubMed…spessissimo però c’è bisogno di un abbonamento alla rivista per poter scaricare il giornale. Le università hanno questi abbonamenti, per cui l’articolo può essere scaricato da un computer dell’università…ma non da casa.

Molte università danno la possibilità di scaricare gli articoli da casa utilizzando un programma proxy. Senza entrare in inutili termini informatici…il proxy è un programma che (nel nostro caso) fa sembrare il pc di casa un pc dell’università.

Vediamo un po’ come fare:

Per prima cosa dovete controllare se la vostra università vi permette di accedere via proxy (altrimenti inutile continuare), per controllare cercate sul sito della vostra università, o chiedete a San Google :D . L’università che frequento io (Federico II di Napoli) ha introdotto questa possibilità nel 2004. Dovreste trovare anche le informazioni per usare il proxy, cioè l’indirizzo e la porta del proxy, l’username e la password (di solito si richiede la registrazione ad un servizio/mail della facoltà). Ora, se non l’avete ancora fatto, scaricate Firefox, che è un programma per navigare su internet…simile a Internet Explorer…ma molto meglio :D . Firefox permette di essere personalizzato grazie a tanti piccoli programmi aggiuntivi, chiamati “componenti aggiuntivi”, “estensioni” o “add-on”. Nel nostro caso è molto utile un’estensione chiamata FoxyProxy, che permette velocemente di impostare, attivare e disattivare il Proxy. Installatela.

Al primo avvio vi verrà chiesto se volete usare un proxy Tor. A noi non interessa, quindi cliccate no.

Ora andate in Strumenti -> FoxyProxy -> Generali. Cliccate su nuovo proxy, inserite un nome e una eventuale nota. Andate sulla scheda dettagli dei proxy

schermata-foxyproxy-impostazioni-dei-proxy

Inserite come nome del server l’indirizzo del proxy della vostra università (nel mio caso proxy.unina.it), il numero della porta (nel mio caso 3128) e date ok. Ora, andando di nuovo su Strumenti -> FoxyProxy potrete scegliere il Proxy della vostra università. A questo punto potete inserire username e password (nel caso della mia università, compreso di @studenti.unina.it). Ora potete andare su PubMed e scaricare tutti gli articoli che volete (ammesso che la vostra università abbia i rispettivi abbonamenti).

Se volete potete aggiungere nei commenti un link alla pagina con le istruzioni del proxy della vostra università in modo da avere tutte le informazioni raccolte in un unico sito.

Un’ultima cosa: usare un programma Proxy rallenta di molto la velocità di navigazione sul web, per cui usate il proxy solo quando serve.

Alla prossima…

Tags: bioinformatica, how-to
23 novembre 2008 - 18:11

BioPython 1.50 e GenomeDiagram

La versione 1.49 di BioPython é stata rilasciata ufficialmente alcuni giorni fa, ed é piena di cambiamenti interessanti: uno di questi é l’introduzione del modulo doctest per la documentazione di alcune classi, cosa che avevo proposto io qualche tempo fa :) .

Comunque, credo che siano in arrivo novità ancora migliori nella 1.50. Una delle mie favorite é l’inclusione di un modulo chiamato GenomeDiagrams, che finalmente permetterà di generare diagrammi di sequenze e genomi direttamente da biopython.

Ecco un esempio di immagine generata con questa libreria:

Circular diagram of Erwinia carotovora ssp. atroseptica comparison against 229 bacterial genomes, constructed using GenomeDiagram

Credo che a biopython avesse veramente bisogno di integrazione con una libreria grafica come questa, visto che altri progetti Bio::* lo possiedono già.

Per esempio, é veramente semplice disegnare un diagramma di sequenze con bioperl:

A plot of sequence features with bioperl
A plot of sequence features with bioperl

Immagino che un diagramma equivalente, generato con il nuovo modulo di biopython, apparirà così:

A linear genome diagram created with the new biopython module
A linear genome diagram created with the new GenomeDiagram module

Devo ancora studiare a fondo il modulo, e non sono sicuro di quanto sia flessibile e facile da utilizzare. In ogni caso, siamo solo alla prima release :) In related post, checkout best rated pheromones.

Il modulo GenomeDiagram é stato scritto da Leighton Pritchard, e descritto in questo articolo:

Dovrebbe essere veramente ringraziato per questo contributo. Qui potete trovare la home page del module, e qui la proposta sul bug tracker di biopython.

Tags: bioinformatica, biopython, diagrammi, librerie grafiche, programmazione, python
18 settembre 2008 - 09:00

Proven Ways to Grow Your Small Business

 Getting your business off the ground is challenging. Continuing to grow your business once it’s established is just as difficult.

And while generating new business and growing your customer base is necessary to succeed, it doesn’t happen overnight. It takes effective planning, strategy, and the willingness to get creative.

If your sales have recently hit a plateau, check out these 10 proven methods to continue growing your business.

1. Know your customers

Knowing who your customers are and what they need is vital. You went through the process of identifying a target market when developing your business plan. But now you have an active customer base that you need to engage with and in the process improve your business.

Whether it’s through a quarterly survey, user reviews, or direct customer service communications, you need to be asking for honest feedback. Take note of consistent grievances amongst your customer-base and use those to launch new features, make internal adjustments, or any number of fixes.

And while direct feedback from your customer base is invaluable, you need to also be paying attention to the market and your competitors. Conducting a market analysis on a regular basis ensures that you’re aware of any competitive moves and how different economic events may affect your customers. Combined with the insightful feedback from your customers, it provides a full picture of potential avenues for growth.

2. Focus on customer service

As you look to grow your business, quality customer service for your current customers can fall by the wayside. Sure customer churn is part of doing business, but you don’t want it to be a direct result of your attempts to grow. And you don’t want to compound people leaving by providing a poor experience.

At the same time, focusing on quality customer service can be a direct avenue for growth. If your current customers are treated exceptionally, they’ll be more likely to leave positive reviews, recommend you to their friends, and of course purchase from your business again.

3. Extend value from current customers

It’s common when looking for growth opportunities to immediately try and attract new customers, but what about your current ones? You’ve built credibility with them meaning they’re more likely to purchase from you again or even pay more for additional services and new products.

Explore opportunities to extend the value of your customers. Add a new product line that compliments previous purchases. Test increasing service prices in exchange for additional features, hands-on direction, or other additions that your customers find valuable.

Just because you’ve possibly hit the limit of growing your established target market, doesn’t mean that you can’t pull more value from it. And who knows, any changes you make to increase the value for current customers may be a springboard for bringing on new ones.

4. Leverage social media

Diving into social media can be daunting. But here’s the thing, you don’t have to have experience with it to leverage social platforms. It can be as simple as opening a business profile and beginning to grow a community of customers.

You don’t need to post every day or even create incredible looking images and videos, but do establish a consistent schedule your followers and customers can expect. From there it’s up to you to actively engage with your followers, read comments, answer messages, and generally build your social brand.

Overall it’s a great way to identify trends and insights about your customers. If you want, you can even use the insights you gain and try running social ads. It’s easier than you think and is an inexpensive way to test promotions, gauge the interest of a new customer base, or even run a full-fledged digital campaign.

5. Grow your team

Growing your customer base and growing your sales typically means growing your team. And just as you need to focus on providing exceptional customer service, you need to focus on the quality of the people that join your team.

Focus on finding diverse voices that can not only fulfill the duties of the role but that can provide unique perspectives that challenges your own. It’s harmful to have a staff full of “yes men” and can potentially lead to poor internal culture and self-serving decisions. Having a vast range of employees that differ in experience, background, beliefs, and specialties bring new perspectives to the table that would be nonexistent without them. Learn more about the meaning of siloed and follow the best tips in order to deal with it.

Additionally, as you look to bring on new employees, you’ll also want to focus on your current staff’s professional development. Show that you value them and their contribution to your business. Give them more opportunities to lead and collaborate, involve them in the goal-setting process, and even foot the bill for them to attend seminars and trainings.

The way you treat your employees will be reflected in the way you treat your customers. Start by optimizing internally and your business will grow from there.

6. Showcase your expertise

If you want to continue building clout amongst your customers and other businesses, you need to showcase your expertise. This means providing resources, hosting webinars, conducting research studies, and even running Q&A’s through your social channels. Find opportunities to share what you know, and present it as a free opportunity to learn and grow.

Just be sure to gather contact information or provide a link to a specific promotional page when you host an event or give access to a download. You’re not just showcasing expertise but using it to grow an audience that will hopefully one day turn into customers. Follow-up and keep providing valuable insight and you’ll be able to turn it into consistent growth.

Tags: bioinformatica, Database
17 settembre 2008 - 19:13

Nuovo autore in InsideBioinfo…

Ciao a tutti,

da oggi InsideBioinfo ha un nuovo autore…me :D

Sono Domenico, sto frequentando la Specialistica in Biotecnologie Mediche, e ho una passione per l’informatica e (ovviamente) per la Biologia…inutile dire quindi della mia passione per la BioInformatica, alla quale però mi sono avvicinato relativamente da poco. Devo dire che sono un po’ emozionato a scrivere su un blog di questa portata…

Gli argomenti di cui scriverò sono cose scontante per ogni bioinformatico…ma possono essere utili a tutti quelli che lavorano in un laboratorio, e vogliono risparmiare un po’ di lavoro al banco.

Bè…cominciamo… :D

Tags: Bibliografia, bioinformatica
5 marzo 2008 - 15:46

Bio-Linux Live DVD

Letto l’articolo su Programmazione.it su Bio-Linux, una distribuzione per bioinformatici, e presa l’occasione di dover rasare il Dell di mio padre, ho sostituito un dolce Ubuntu che stava andando ininterrottamente senza problemi da 132 giorni con BioLinux, ovvero una distribuzione base Debian per Bioinformatici.
Per saperne di più vi rimando all’articolo di Francesco Corsentino sopra citato. Le mie prime impressioni dopo un uso non molto intensivo?

Innanzi tutto guardiamo la lista dei packages che vengono messi a disposizione: oltre sessanta. Certo, un compendio completo, ma forse un po’ troppo articolato, io avrei messo molta roba che fa parte del pacchetto di default tra gli additional, per rendere il sistema meno pesante (l’ISO è di quasi 2 G).
Noto inoltre con gratitudine che la communità Post Genomics and Proteomics (PGP) ha contribuito alla realizzazione della distro, e grazie ad essa abbiamo un sistema che non è esclusivamente genome oriented, anche se qualcosa che io reputo essential per l’analisi proteomica manca :-(

Questo test mi ha fatto render conto che alla fine per sviluppare un progetto bioinformatico, che sia piccolo o grande, uso un numero ristretto di applicativi, tra quelli messi a disposizione, per invece andare a sviluppare/customizzare quanto serve volta per volta. E naturalmente l’uso intensivo della rete! Che non si limita alla consultazione di documentazione ufficiale, quanto alla ricerca di problem solving experiences. L’idea di avere un SO solido e autosufficiente da poter essere usato anche quando non si ha a disposizione un accesso alle risorse on line, è quindi, IMHO, poco produttiva.

Rimane il grande vantaggio di potersi portar dietro la propria live version, con cui emulare senza necessità di installazione un ambiente dotato di un alto numero di applicativi bioinformatici.

Tags: bio-linux, bioinformatica
21 febbraio 2008 - 10:58

Nuova uscita per Bio::Blogs #18

Su Bioinformaticszen con Febbraio è arrivato il numero 18 di Bio::Blogs!

Questo numero, dichiaratamente, punta l’attenzione sull’evoluzione naturale dell’Open Source Science, almeno dal mio punto di vista, ovvero l’Open Notebook Science: la condivisione del lavoro dei ricercatori mentre viene svolto. E’ sempre più in uso condividere su blog e wiki veri e propri “quaderni di laboratorio”, a cui tutti possono dare il proprio contributo.

This issue has a particular focus on Open Notebook Science – researchers sharing their work as they produce it.

Per quanti sono curiosi di sapere cosa è stato HOT nella blogsfera del mese scorso.

Tags: Bio::Blogs, bioinformatica
15 febbraio 2008 - 11:09

Gene Characterization Index (CGI? what’s up!)

“Uno score per indicizzare il livello di caratterizzazione dei geni”

Prima o poi chi gioca al Bioinformatico si ritrova ad affrontare la sfida di progettare un sistema di indicizzazioine e scoring.
Ce ne sono di ogni tipo, possono esserci score statistici, algoritmici, induttivi, euristici, gerarchici… ci si perde facilmente tra curve poissoniane del rumore, condizioni di Kolmogorov-Smirnov, normalizzazioni, teorie dei grandi numeri…
Uno score e’ comunque una sorta di coltello che frange dati significativi, dallo schifo intorno.

Tra gli score euristici mi affascinano quelli che fanno parte della categoria score qualitativi, che trattano proprio clasterizzazioni di paper, che costruiscono network sulla base di parole chiavi. L’incremento del numero di pubblicazioni ha reso necessario lo sviluppo di strumenti sempre più raffinati per identificare reference incrociate, analisi degli abstract e via dicendo. Se ne parla su Openhelix.
Ebbene, UN INTERESSANTE LAVORO e’ stato sviluppato e pubblicato nel tentativo di rispondere alla domanda “quanto uno specifico gene è stato funzionalmente caratterizzato?“. Lo score e’ basato su criteri che scansionano risorse quali le sequenze presenti in GenBank, domini InterPro, pathway in KEGG, reference Medline, OMIM e Swiss-Prot. Su questa base vengono assegnati degli score da 1 a 10 (great!).

By evaluating the survey as training data, we developed a bioinformatics procedure to assign gene characterization scores to all genes in the human genome. We analyzed snapshots of functional genome annotation over a period of 6 years to assess temporal changes reflected by the increase of the average Gene Characterization Index.

Il sistema, è più complesso di quanto ho detto (naturalmente!) ed è stato validato su classi di geni di rilevanza farmacologica. Il sistema dimostra di essere in grado di generare un ottimo posizionamento per geni target ben noti, e di individuare nuovi target gene potenzialmente interessanti. Un suo uso base può facilmente dare un’idea di quanto è studiato un gene, quanto materiale posso aspettarmi di trovare a riguardo, e se magari vale la pena focalizzare su di esso i nostri sforzi bioinformatici!

Tags: bioinformatica, CGI, Letteratura scientifica, Network
13 febbraio 2008 - 11:45

Una biblioteca di PDF scientifici (per Mac ma non solo)

Fabrizio Capuani mi segnala Papers, interessante software, per mantenere e gestire le proprie collezioni di articoli.

Essendo solo disponibile per Mekentosjani, non l’ho potuto testare, quindi spero in qualche altra opinione. Personalmente, come fervente utilizzatore di Windows, ho sempre fatto ricorso ad Endnote. Endnote si differenzia da Papers per la capacità di integrarsi con Word e facilita non poco la scrittura delle citazioni bibliografiche. Però non è pensato per gestire una collezione di pdf, ma solo per collezionare i metadati necessari per creare un database bibliografico.
Naturalmente è possibile inserire il pdf stesso dell’articolo in un folder e linkarlo adeguatamente in Endnote, ma non è un’operazione così immediata, e questo non permette comunque di fare ricerche nei contenuti dei file.

Paper, anch’esso si connette al web e scarica le reference (autore, titolo, giornale, anno di pubblicazione), ma li associa allo stesso pdf. Citando la descrizione originale del software:

Papers contains everything you need to get your favorite articles in your personal library. Importing PDFs that you already downloaded before is easy, you match them using your favorite online article repository like PubMed, Google Scholar, Web of Science, etc. and all the metadata is automatically added. You might as well skip this altogether and start from scratch, the completely integrated search engines is the number one thing you are really going to like. Three clicks is all you need to find a paper and add it to your library.

Fabrizio sintetizza la cosa in “Praticamente e’ iTunes per articoli scientifici. Unico neo e’ che non e’ gratis… si puo’ pero’ provare per 30 giorni“. Paper puo’ esportare una collezione (tipo playlist) in formato Endnote, ma anche in formato bibtex!

L’alternativa è quella di sfruttare l’opzione “Adobe Catalog“. Con esso è possibile indicizzare TUTTO il documento pdf e creare quindi un database cercabile per qualsiasi parola anche nel testo o nei materiali e metodi. E’ possibile inoltre fare
diversi database di articoli per argomenti o gruppi.

Tags: Bibliografia, bioinformatica, Letteratura scientifica, Mac, Pdf