Tecnica di ibridazione utilizzata per localizzare sequenze di acidi nucleici su cromosomi nuclei e citoplasma. Consiste nell'ibridare sul preparato citologico specifiche sonde marcate. Le sonde possono essere cromosoma-specifiche in grado di evidenziare l'intero cromosoma (painting cromosomico) o specifiche regioni di cromosoma (per esempio sequenze clonate da geni o sequenze ripetute in tandem come le sequenze alfoidi) o sequenze per identificare la localizzazione di specifici RNA nel citoplasma. Le sonde possono essere marcate con isotopi radioattivi o piu' frequentemente con fluorocromi ed in quest'ultimo caso si parla di ibridazione in situ a fluorescenza (FISH). La FISH rappresenta oggi la tecnica piu' diretta per il mappaggio genico in quanto puo' facilmente definire la posizione sui cromosomi di qualunque gene clonato. Tra le altre principali applicazioni ricordiamo la caratterizzazione di duplicazioni microdelezioni traslocazioni e la individuazione di anomalie cromosomiche numeriche sui nuclei in interfase.